作为联合大学的校长，十二月上旬，王栋正在召开第一批教师选拔和聘任会议。当接到太平洋战役爆发的消息，王栋微微摇头，只说了一句话：“跳梁小丑”之后，马上投入到面临的工作当中。

因为婆罗岛进攻战遭到重创，日军南线部队改变了主攻方向，一是加大力度进攻爪哇等；二是在半岛南部地区迅速占领了缅南地区，然后向北压迫英殖民军队；同时，在占领了夏威夷及其周边多个之后，向菲律宾展开了大规模进攻。

早在去年，日军第一批南下的南部集团，就曾经进攻婆罗洲。在遭到雇佣军集团打击之后，转而进攻爪哇岛，殖民军只好求助于雇佣军集团，共同防守爪哇等主要，与日军展开对峙。

珍珠港突袭战成功之后，日军在进攻其他的同时，派出精兵一部，向菲律宾展开了大规模进攻，其主要目的是占领菲律宾，解除南下通道上的障碍，进而为向南进攻建立支撑。

双方的主要兵力部署是：日军主要参战部队有第十四军团；海军菲律宾战役联合编队，各类舰只四十余艘；陆军航空兵兵团，飞机200架，海军航空兵，飞机300架。除此之外还组织了100艘运输船和和其他辅助船只。

当时菲律宾群岛的美菲集团大约十三万人，美国的麦克阿瑟将军任司令，共计作战飞机一百四十余架。美国亚洲舰队数十艘战舰。

日军的进攻计划是，以驻台湾的航空部队实施空中打击，首先瘫痪美军的航空兵，夺取制空权；同时先遣部队在海军支援下在吕宋多点登陆并占领机场，自己的空军部队迅速占领敌人机场，掩护地面部队登陆占领马尼拉。再分出主力一部，在南面占领棉兰老岛，然后南北相向进攻，控制整个菲律宾。

战役开始时，日军陆海军航空兵对美军的机场和海军基地实施了突然的，大规模袭击，很快消灭了美空军半数兵力为登陆作战创造了条件。日军夺取了制空权后，派出部队分别在吕宋岛北部的阿帕里和维甘登陆并占领机场。

吕宋岛的美菲部队先是撤往巴丹半岛和科雷希多岛，结果遭到日军多次进攻。在日军猛烈攻击下之下，缺少外援的美菲军终于第二年四月宣布投降。

战斗到四二年五月上旬，棉兰老岛等地的美菲军宣布投降，不久之后，日军控制菲律宾全境。

期间，在美菲政府要求之下，中南联合政府空军部队曾经派出上百架次飞机，给美菲部队运送过补给品，结果因为地面战局不清楚，无法进行有效联系，宣布任务失败。

日海空军偷袭珍珠港之后，美国马上开始了战争动员，各大兵工厂开足马力生产各类武器装备。其中环球航空发动机和飞机制造公司一次性接到了上百亿美元的订单；爱也得到美英等国上百亿美金的轻武器、坦克、直升机，甚至是药品和服装之类订单，致使刚完成迁移不久的爱兵工企业开足马力，加大了生产力度。

“轻武器主要供给他们通用步枪；直升机只提供一般性攻击机，总数不超过五百架；高射炮尽力提供，榴弹炮只提供三十公里以内射程的；坦克车五百辆。技术性能控制在四零年上半年以前。”王栋明确指示负责军工生产的牟平原副总司令。

随着外交事务增多，加西亚副总司令调任外务部，担任部长职务，将原来的军工生产职责，全部移交给了牟平原负责；后勤部的工作仍然有王定国掌舵，但是为了加强领导力量，王栋又任命孙耀祖为常务部长，牛国栋（原国防大学主管后勤工作的副校长）为副部长。

因为兵工基地、大本营总部等机关已经分作南北两部分，几乎全部迁出了老根据地，因此，爱国内部队进一步收缩，主要控制从大河沿线，西南到彭城，南部防区以淮水为界，北临渤海，东面到黄海北区的一个半省地域。吴刚被任命为留守后方的总司令，全权负责控制区内的军政事宜；原海州沿线防区司令牛满为副司令兼政委；半岛兵团司令王顺为海防司令；整个南部防区由查兴邦兵团负责。

其他主要将领程勇等人，多数调到中南地区任职，其中程勇司令担任了中南大军区的副总司令。杜玉国将军调任新的国防大学常务校长一职，游山虎仍然担任特战部队司令，同时兼任南区空降兵部队司令；原训练基地司令贺进财，省府警备司令阎知礼等出任新的机械化部队司令。

尤为可喜的是，部分军政大学毕业的青年，逐渐走上中低层领导岗位，并开始崭露头角，马上得到重用，这是后话。