地下研究所内发生的前部分经过与张定珊口述的大致相同，不同之处在于，李启明脑海中存有地下四层和五层的相关信息。地下四层和地下五层只能通过研究所中间的暗门进去，或者利用连接地面的便捷通道进入。李启明在地下四层用活人圈养实验体，有时还让小爱前往四层展示异能。小爱的异能乃是从母亲那里继承而来的隔空撕裂，在无意识的情况下撕裂活人时，由于威力过于强大，常常会把活人的灵魂也撕裂出体外，使其成为四处飘荡的游魂。

带有怨气的游魂是能够伤害他人的，跟随李启明的特战队员往往会被游魂侵入身体，变成痴傻的躯壳，而后也被李启明推进变异体群中充当养料。

地下四层的变异人不断增多，游魂的数量也与日俱增，李启明为缓解地下空间压力，曾打开地面铁盖放出许多，结果却是，凭借研究所的力量根本无法阻止变异人到处捣乱。那时放出变异人完成体之后，李启明后悔得肠子都青了，变异人和游魂四处伤人，搞得他连研究都无法进行，只能躲进地道避难。他派出一些队员出去打探情况，却都有去无回。大量的村民也因畏惧研究所的恐怖，纷纷搬离到外围生活。

混乱的局面持续了很长一段时间，张定珊用母爱引导天真的小爱，召唤傀儡子虫变异人回归到了地下研究所内，不去惊扰外面的普通居民。

经过一番教训，李启明让人加固了研究所的出入铁门，窗户换成防弹玻璃，地下四层和五层的暗门和外部铁盖也没有轻易打开过。

随着小爱渐渐长大，识了字、明了理、看过外界的花草树木，逐渐能够分辨是非善恶。她渴望与自己的父母以及子虫载体前往外界生活，摆脱那个如同地下黑洞般的研究所。

李启明的警觉意识超乎常人，察觉到李忠平一家三口经常探讨的异常举动后，提前备好销毁研究所的汽油，并下达了一系列销毁重要资料的命令。

八五年六月，晚八点，李启明和小爱一家人发生了正面冲突。先是李忠平被李启明杀害，紧接着张定珊和小爱带领女魅、变异人、大量血尸、干尸里应外合，迅速控制了研究所及其周围片区。李启明借助山洞暗道逃出村外请求支援，可那时姜家大姐的处境极为艰难，一方面被关押审查中，另一方面还要医治病变，根本无暇顾及 YR2 研究所的混乱局面，让他自己解决问题。

李启明孤注一掷，给自己注射了各种能量液。说来也巧，众多普通人都未能在实验中成功，而李启明的身体一次性就承受住了能量液的细胞改造，从而拥有了一各种异能。李启明运用心灵控制，令张家正常异能者以及外面的特战队、警备队与张定珊和小爱展开了殊死搏斗。

整整一个晚上，双方伤亡惨重，研究所周围的房屋建筑毁坏不堪。

张春阳心系普通人的性命，不愿让这场毫无意义的争斗波及外界，带领自己的亲信族人，引爆了早些时间在外围边界安置的炸弹，炸出了一条绵延千米的隔离沟壑。张家土系异能者齐心协力又筑起了一道红砖墙，算是为凤凰村做出的最后一点贡献。