税部的尚书朱由校选择了在盐政变革中表现出色的户部右侍郎袁世振，左侍郎选择了江东布政使王绍微，右侍郎则是将下放辽东历练了三年半的金山左参政杨一鹏给调了回来，而他留下的左参政由孙传庭接任，右参政则是白城知州马士英兼任。

汪应蛟即将致仕的刑部尚书由方从哲力荐的原刑部左侍郎闵洪学接任，左侍郎则是由宣大巡抚赵秉忠接任，而右侍郎依然还是陈子壮。

兵部右侍郎的人选，朱由校还是选择了方从哲举荐的大宁行都司左参政来斯行，而来斯行留下的左参政则由陈奇瑜接任，右参政朱由校再次直接干拔了营州知州卢象升。

卢象升凭此跟马士英一样连跳六级，从正六品的知州升到了正三品的行都司右参政，当然，两人的主职还是继续负责营州与白城。

礼部右侍郎在黄士俊下放湖广历练后，他的位置朱由校力排众议，最终选择了被东林党攻讦后，不得不致仕归家多年的万历三十八年状元浙江湖州人韩敬，而且他跟黄士俊一样，也兼任着国子监祭酒。

朱由校之所以如此安排，就是看中了他与东林党的深仇大恨，从而避免东林党残余势力借助国子监这个储备官员平台，再次死灰复燃。

萧近高致仕后留下的太仆寺卿，朱由校选择了太仆寺少卿张至发，过去两年马政与马场管理得让朱由校比较满意，便选择了太仆寺少卿张至发接任。

朱由校这次的官员选择，以浙党、楚党与齐党的官员为主。

其中浙党有刑部尚书闵洪学、兵部右侍郎来斯行与礼部右侍郎韩敬，楚党的官员主要集中在户部与税部，有户部左侍郎杨鹤、税部尚书袁世振与右侍郎杨一鹏。

其中户部尚书毕懋良虽然被朱由校留在了户部，但因年龄偏大也留不了几年，加上他多年的户部工作经验，朱由校最终了留下了他。

而齐党的山东籍官员，则有刑部左侍郎赵秉忠与太仆寺卿张至发。

在二月初十廷推结束后的第三天，方从哲再次以病重的原由乞骸骨，这次朱由校准了，保留了方从哲太傅兼中级殿大学士官职称呼，同时还给了正一品的特进荣禄大夫文散阶，硬邦邦的正一品，而且三公还是仅次于太师的太傅，太师是准备在他死后追赠的。

所以，朱由校算是给了方从哲文官在世时最体面的致仕，而且在二月十五这天，朱由校还单独在琼华宫为他设宴饯行，此外，还让司礼监掌印刘时敏代表他跟其他文官一道为他饯别。

在百官为方从哲举行饯别后，内阁大学士也迎来了新的调整，原皇帝公开召毕自严与袁可立入阁的消息并没有发生意外，两人跟现在的孙承宗一样，都是少保兼东阁大学士。

至于原先两位在京城的内阁大学士，徐光启仍然是少保兼文渊阁大学士，而李长庚则是少傅兼建极殿大学士，意味着他成了继方从哲之后，隆武朝的第二任内阁首辅。