于是，世宗把申燧下镇抚司拷讯，因为这件事，朝廷革除了三大营的巡视官。其后，仇鸾的上疏都由世宗在内廷批示，不下兵部讨论。次年，仇鸾提督京营戎政，欲图节制九边诸将，王邦瑞力执不可，上疏弹劾仇鸾“跋扈不道”，仇鸾反而暗中向世宗中伤他。世宗最终夺王邦瑞官，导致戎政上仇鸾一人独大的局面终于形成。

马市议成，朝廷让经略侍郎史道主持这件事，兵部主事杨继盛劝谏阻止它，被贬为狄道典史了。而仇鸾还在世宗面前吹嘘说自己正在谋划攻打敌人，关于调度士兵、修整车马所说的话，都荒诞不经，不是好计策，但兵部不敢完全阻止仇鸾的提议，而世宗又命令兵部都听从仇鸾。仇鸾不能向蒙古人射一支箭，蒙古人借着马市随意往来，卖给我国的马不是瘦的就是老的，掳掠的财物不可胜计，还获得几十万布匹，以及珍馐、美酒和水果。蒙古人若是稍稍不满意卖给他们的粮食，就辱骂汉人狡猾。他们还穿上汉人的服装，混进小城奸淫妇女。边将畏惧而不敢严厉惩治他们。蒙古人小股进入境内，将领就关闭城门，没有士兵誓死抵抗，更别提战死的了。明朝有个叛徒叫萧芹，教唆鞑靼侵扰边境。仇鸾既然不能向敌人射一支箭，就跟史道一起贿赂敌人，索取萧芹。鞑靼送来萧芹，仇鸾就上报说：“这是时义抓到的。”世宗认为时义有功劳，于是时义得以升指挥佥事，而仇鸾加封太子太保，增加了俸禄和恩荫。

当时，朝中的人都知道和鞑靼通商不是好主意，但世宗宠爱仇鸾，他们不敢有反对的意见。鞑靼又说穷人没有马可以卖，只有牛羊，请求用这个交换菽豆。于是朝野都议论说：“敌人贪得无厌，不能同意。”等到仇鸾请求出战，世宗就召史道返回。仇鸾又领着京城的二万七千多边防军队，消耗户、兵、工三部数万民夫、马具、武器，到白羊口，巡视关隘。他又不敢直接迎战敌人，就说：“朵颜引来大大进犯，请求让我先移兵讨伐他们。”总督何栋说：“仇鸾此行花费数万军费，是为了讨伐俺答，怎么有精力转头去进攻朵颜呢？”仇鸾便说自己过一个月回去。适逢明朝有两个给鞑靼做向导的叛贼——哈舟儿和陈通事，逃入了朵颜，于是何栋诱捕了他。世宗也说这是仇鸾的功劳，加封他为太子太师，增加他的俸禄和恩荫。

仇鸾回京后，想要吞并赵时春在山东招募的精兵，便散布流言说他苛待士兵，徐阶听闻此事，和陆炳一起出称犒劳这些士卒，对赵时春慰问有加，回来以后通过太监麦福之口，将实情传达到世宗耳中，使仇鸾没有得逞。仇鸾因此对徐阶心生不满，但因为正和严嵩争斗无暇顾及。

鞑靼多次侵略边境，朝野追究缘由，认为起因就在仇鸾，仇鸾于是夸口说：“每个镇选拔一万人的敢死队，跟随我作战。北虏进犯时，请命令各将领不要拦截，放任他南下。我在南面拼死战斗，兵部尚书赵锦带精兵从北面包抄，南北夹击打败他们。”他又说：“在京城附近作战也可以。要让敌人长驱直入，使他们放松警惕。”京官们都很震惊：“如果不能取胜，该怎么办？”

不久，鞑靼进犯大同的次数更多，仇鸾不安，请求去出征，世宗询问严嵩。严嵩与仇鸾不和已经很久，希望能通过此战暴露仇鸾的短处，就回答：“应该听从仇鸾的话。但他一定要擒获并杀死鞑靼军队的统帅，才能称得上大的功劳。”世宗安慰仇鸾说：“只是一些零散的敌人罢了。你只管调兵，驱逐剿灭他们。”过了一段时间，鞑靼大举入侵。世宗让严嵩和兵部讨论这件事。兵部尚书赵锦说：“我才疏学浅，未能为上级分忧、给下属提携。平定鞑靼、安定边疆的任务里面，运筹帷幄、调配军粮、侦查鞑靼的情报，是我份内的事。而大将军仇鸾所调的军队总共有三万八千人，各路精兵都汇聚在他那里；而宣大的军队额定有十二多万，实际却没有这么多。剿灭凶徒、报答陛下，这是大将军的职责。”

世宗命令仇鸾带兵到大同，耗费的车马器械有去年秋天那场战事的一半之多，世宗还准兵、户、工三部侍郎各简僚属从军，皆隶属仇鸾幕府中。仇鸾苛责这些大臣，动辄以军法处置随征的文官。仇鸾在泥河与敌人交战，他的家丁率先深入敌阵，结果溃败，依靠游击时陈给他们殿后，才得以逃脱。参将欧阳安从侧翼攻打敌人，斩获二十多人的首级。大学士严嵩再次说，仇鸾不能一直不战斗，世宗传话给他：“一定要重创敌人。”仇鸾反而诬陷战友说：“上个月我出兵泥河，杀死了二十多个敌人，但由于游击时陈、参将欧阳安不勇敢，才没有大胜。我将会厉兵袜马，彻底摧毁敌军。”世宗没有治二人的罪，而众人更加怀疑仇鸾通虏了。仇鸾为了嫁祸他人，屡次诽谤赵时春，还诬陷成国公朱希忠通敌，世宗没有相信他的话。

过了一个月，仇鸾上疏说：“我出兵镇川堡，到了猫儿庄，敌人从沟下伏击我们，我军虽然有死伤，但斩首五级，缴获了三十匹马，因此我为诸将请赏。”兵部尚书赵锦说：“出兵攻打敌人，应当取得全胜，我们不像别的少数民族，敌人来了才仓促应对，然后把浴血奋战作为功绩。”世宗说：“众将冒死作战，应该赏赐他们。”更加大赏仇鸾。不久，因为军情告急，世宗召仇鸾返回，并且禁止他再调动边境的兵马。

仇鸾感到不安，乞求将自己罢免，不被允许，于是他回到京城。鞑靼进犯的军报又到来了，仇鸾生了背疽，请求带病作战，世宗知道仇鸾不可靠，阻止了他，并下诏收回了他的印信，用陈桧取代仇鸾。

于是，大学士徐阶秘密上书，揭发仇鸾通敌误国的罪状，世宗大惊，命令锦衣卫陆炳暗中查探。陆炳素来厌恶仇鸾，经常窥探他的一举一动，仇鸾收受的贿赂和左右的亲信，他都知道得一清二楚，他虽然想要揭发仇鸾通敌，但担心没有证据，就在仇鸾去世前一天，派人诱使时义、侯荣尽快逃到鞑靼去，时义、侯荣等人相信了，各自出逃。仇鸾病逝，享年四十七岁，而陆炳派人拦截抓住了时义等人，奏报说：“仇鸾镇守大同时，私自和俺答勾结，贿赂他们金钱等物。俺答也赠送仇鸾箭和旗子作为信物。时义等人一直为他们送信往来，如今害怕罪行败露，就逃往鞑靼，想要引导敌寇入侵。”皇上大怒，命令陆炳和三法司追论仇鸾的罪状，虽然仇鸾并未谋反，但会审人员上奏说：“仇鸾犯了谋反罪，应当追戮。“

于是，世宗下旨剖开仇鸾的棺材，砍下他的头传示边境九镇，他的父母、妻子、儿子和时义、侯荣都斩首，妾、女儿、孙子分发给功臣家里做奴婢，查抄财产、没入国库，家属流放，党羽都各自获罪发配。兵部尚书赵锦、光禄寺卿董懋中因被弹劾是仇鸾的朋党，也被治罪。