在战胜宇宙守护者之后，多元宇宙联盟迎来了一段相对平静的时期。他们利用这段时间，大力发展科技，加强各文明之间的交流与合作，进一步巩固了联盟的实力。

然而，平静的背后却隐藏着新的危机。在宇宙的深处，一种神秘的暗能量开始悄然蔓延。这种暗能量具有强大的侵蚀性，能够扭曲时空，吞噬一切物质和能量。

最初，联盟并没有察觉到这股暗能量的威胁。直到一些偏远的星系开始出现异常现象，星球消失，恒星熄灭，联盟才意识到问题的严重性。

经过调查，联盟发现这股暗能量并非自然产生，而是由一个名为“暗影议会”的神秘组织所操控。这个组织的成员来自不同的宇宙文明，但他们都有着共同的目标——利用暗能量统治整个多元宇宙。

为了对抗暗影议会，联盟迅速组建了一支特别行动队。这支队伍由各个文明的精英组成，他们配备了最先进的武器和装备，肩负着摧毁暗影议会的暗能量装置，阻止危机蔓延的重任。

特别行动队深入暗能量肆虐的区域，遭遇了重重困难。暗能量的干扰使得通讯时常中断，行动队成员之间难以协同作战。而且，暗影议会还设置了各种陷阱和防御工事，给行动队造成了巨大的伤亡。

在一次行动中，行动队误中了暗影议会的埋伏，被包围在一个废弃的星球上。面对敌人的猛烈攻击，行动队队长展现出了非凡的勇气和智慧。他带领队员们利用星球上的地形，与敌人展开游击战，顽强抵抗。

与此同时，联盟也在后方全力支援行动队。科学家们夜以继日地研究暗能量的特性，试图找到克制的方法。外交使者则奔走于各个文明之间，争取更多的支持和资源。

经过艰苦的战斗，行动队终于成功突围，并找到了暗影议会的一个重要据点。他们在据点中发现了大量关于暗能量的研究资料和控制装置。

然而，就在他们准备将这些资料带回联盟时，暗影议会的主力部队赶到。一场激烈的战斗再次爆发，行动队陷入了绝境。

关键时刻，联盟的增援部队及时赶到。在内外夹击之下，联盟最终摧毁了这个据点，削弱了暗影议会的力量。

但暗影议会并没有就此罢休，他们启动了一个更加可怕的计划。他们利用暗能量制造了一个巨大的黑洞，试图将整个多元宇宙吸入其中。

面对这一危机，多元宇宙联盟决定发动全面反击。各个文明的舰队集结在一起，组成了一支庞大的联军，向暗影议会的总部进发。