刚刚出狱的王允虽对张让等人的行径深恶痛绝，但因力量有限，只得改名换姓，离开都城洛阳，辗转于河内、陈留之间。

不久灵帝驾崩，王允急忙赶赴洛阳吊丧，此时朝廷局势极度混乱，以何进为首的外戚势力大增，阉党张让失去了对中央政权的控制权，面临覆灭的危险。

大将军何进利用各地方官吏奔丧的机会，大肆结交和拉拢亲己势力以谋张让，王允一到洛阳，就被何进紧急召见，并说明意图。

王允很感激何进对他的救命之恩，便满口答应并担任从事从郎一职。

后来情况发生急变，张让集结党羽，用何太后召见何进的名义把何进骗入宫中，趁机伏杀。王允不得不迁任河南尹，暂时逃避张让的嚣张气焰。

张让伏杀何进后，曾奉密召的董卓、袁术等人立即领兵进京，讨杀张让，张让、段挂等人挟持少帝刘辩和陈留王刘协半夜出逃。

当时朝中公卿大夫被急变的局势吓得不知所措，他们都不敢护卫少帝，王允立即派遣一部分士兵跟随尚书卢植一起保护少帝，事后，又奉迎少帝回宫。

永汉元年董卓废掉少帝，献帝刘协继位，王允被拜为太仆，不久迁任尚书令，初平元年王允替代杨彪担任司徒职务，同时兼任尚书令。

王允担任司徒，可谓是受命于危难之秋，献帝登极后，外戚、宦官斗争仍在继续，黄巾军起义风起云涌，如火如荼，各地割据豪强也趁机发难，借讨宦官为名，纷纷问鼎中央政权。

整个东汉政权危机四伏，动荡不安，面对如此国将不国的尴尬局势，王允毅然承担起恢复和革新东汉政权和社会的重任，没有丝毫退缩和畏惧。

为了稳定政局，消除混乱，王允和朝中其他忠臣良将一道出谋划策，重新树立皇帝的绝对权威。

董卓在进驻洛阳过程中，迎立少帝，挟天子以令诸侯。进驻洛阳后，董卓又多次赤裸裸地表现出对权力的贪婪欲望。

他废旧立新，毒杀太后，广植党羽，培养亲信，统收兵权，控制朝廷，从董卓的种种倒行逆施中，王允已经敏锐地意识到他将成为威胁东汉政权的最大隐患，必须采取必要措施遏制和除掉董卓。

可是董卓手中掌握有强大的军事力量，党羽众多，而且董卓本人凶残毒辣，如果主动出击，只能是以卵击石。

于是王允表面上一味听任，甚至顺从董卓，让他放松对自己的戒备，实际上却在细心计划，周密布置。

董卓进入洛阳后，为了站稳脚跟和扩大势力，曾极力拉拢朝中有影响的官员，王允不动声色，顺势归顺，尽量迎合。

有时王允不惜矫情曲意，偏违原则，来换取董卓的信任，董卓见王允不但具有才识，而且对自己忠心耿耿，毫无二心。

于是便把王允当作自己的心腹亲信，对王允不生丝毫疑心，无论朝政大小，都托付给王允处理，王允借此时机亲自主持一些恢复王室和发展社会经济的具体事务。