上杉辉虎也没有耽搁太久，而且他们的队伍已经过了河了。
小笠原辉长立刻摆出空心阵，上杉辉虎用出了车悬阵，战斗极其激烈，小笠原辉长也不得不上阵杀敌。
很快上杉辉虎与小笠原辉长在乱军之中相见。
上杉辉虎喊道：“信浓守，来吧，结束掉这一切！”
小笠原辉长当即喊道：“辉虎様，和我一起携手共建和谐的国家吧！”
上杉辉虎摇头道：“我们之间已经不可能了，出手吧！”
说罢上杉辉虎就驱马冲向小笠原辉长，两人来回交手好几次都没有分出胜负。
整个战场上都陷入了焦灼。
不过小笠原辉长不敌上杉辉虎，仓促间再次拔枪射击，打断了上杉辉虎的佩刀，随后在手下的保护下后撤，上杉辉虎也驱马返回。
随后不久，上杉辉虎得到一个坏消息，善光寺城外的万余联军被越中能登的小笠原军偷袭，遭遇惨败，足利义昭被杀了！
同时越后已经受到了威胁，上杉辉虎当机立断，迅速撤军返回春日山城。
此一战，顿时就让上野下野的国人全部降服。
上杉辉虎回到春日山城没多久就消失了。
八月，善光寺城里，小笠原辉长见到了已经剃度的上杉辉虎，现在他不叫上杉辉虎了，而是叫上杉谦信了。
此时的上杉谦信已经是一副朴素的僧人装扮，素雅的僧袍也无法遮盖他高贵的气质。
小笠原辉长看着上杉谦信，说道：“辉虎様，您这是？”
上杉谦信摇头道：“贫僧已经决定去高野山修炼了，最后来这里再看看曾经的知己。”
小笠原辉长叹了口气，说道：“谦信公，您放心吧，在下一定会让这个乱世结束的，同时也会让净土真宗的人做一个真正的佛门。”
上杉谦信微微低头道：“贫僧会期待那一天的！”
随后上杉谦信离开了善光寺，前往了纪伊的高野山当了僧人。
越后没了上杉谦信，很快就被小笠原辉长的大军给平定了，上杉谦信麾下的一些家臣十分痛苦，最终纷纷出家，前往高野山陪伴上杉谦信去了。
只有北条高广拼死抵抗小笠原军，最终全家被灭。
小笠原辉长让长尾政景的儿子过继到上杉谦信膝下，继承了上杉家，为上杉景胜，领有越后一国。
如此，小笠原辉长手中已有七百万石左右的石高，虽然出羽陆奥加起来有两百多万石，但是又如何是小笠原辉长的对手？
永禄三年，小笠原辉长就率领军队平定了出羽陆奥，顺便把虾夷也给征服了。
这时候小笠原辉长便有了近千万石领地。
已经平定了东边的辉长终于把目光看向了京畿，以他现在的实力，足够出动十万常备军。
永禄四年新春佳节，小笠原辉长麾下家臣齐聚上田城，大殿里重臣已经坐满，外面走廊，中间的空地上都坐满了家臣。
辉长坐在主位上，他站了起来，大声说道：“诸位，本家领地已有近千万石，天下一半在于我手！
虾夷也已经被我征服，这可是征夷大将军该干的事情，如今我已经做了！
那个被三好家操控的傀儡足利义荣已经不配再做征夷大将军了，现在该我来做这个征夷大将军了！”
“喔！”
家臣们激动的大声喊了起来。
这个消息也传到了殿外那些家臣的耳朵里，他们都很激动，纷纷高喊着：“上洛！”
“上洛！”
“上洛！”
小笠原辉长听到他们的喊声，心中也是澎湃不已。
他举手大喊道：“诸位，继续欢呼吧！努力训练军队，上洛就在今年了！”
“喔！”
“上洛！”
家臣们散去之后，就回去训练自己的军役，真正的主力都在信浓训练，训练总大将便是弥津里美，东野信胜在他手底下办事。
这一次出阵，辉长九岁的长子也会跟着一起上洛，到时候由天皇作为他的乌帽子亲。
时值七月，小笠原家十万大军尽起，从美浓出发，不到七天就灭掉了近江一国。
面对来势汹汹的小笠原辉长，三好长庆都慌了，他连忙派松永久秀去见小笠原辉长。
小笠原辉长看着松永久秀道：“是三好长庆让你来宣布他投降的吗？”
松永久秀连忙说道：“小笠原殿，我家主公可是把九条夫人嫁给了您，还让十河様的儿子跟您姓，你我两家是姻亲啊！”
小笠原辉长笑了笑，说道：“所以本家只是灭了六角家和浅井家，三好家现在投降还来得及。”
松永久秀连忙会去告诉了三好长庆，这个时候他的儿子三好义长当即劝他识时务。
最终三好长庆长叹一声，派遣自己的儿子出面，前去向小笠原辉长谈判投降的事情。
最终三好家可以回到四国去，领赞岐阿波淡路三国。
同时第十四代将军足利义荣宣布退位，离开京都。
小笠原辉长在京都接受了正亲町天皇的接见，他是后奈良天皇第一皇子，母亲是万里小路贤房之女万里小路荣子，名方仁，于1533年封为亲王。1557年，因为后奈良天皇过世而即位，但是因为皇室实在穷途潦倒，极端匮乏，一直到毛利元就等人捐出献金，天皇才在1560年勉强举行即位仪式。
在正亲町天皇的见证下，小笠原辉长被授予征夷大将军的位置，官位为正二位左大臣。
小笠原辉长既然成为了征夷大将军，自然不能再住在信浓上田城了。
同时他也需要奖励自己的部下，同时他也要巩固自己的地位。
所以他宣布了京畿的若狭、山城、近江、伊贺、纪伊、大和、和泉、摄津、山城、伊势、丹波、丹后、尾张、美浓、信浓、越前、加贺为幕府直领。
这里面的国人和豪族都将转封到其他的领国去，而属于小笠原辉长直属的旗本武士转封到他的直领里。
他宣布的一些领国暂时还没有归属于他，不过他的十万常备军直接横扫这些领国，特别是有天王寺屋支援粮草，经济内没有一国是小笠原辉长的对手。
当然也有一些识时务的向小笠原辉长投降。
不过西国的毛利元就暂时没有投降的意思。