明天启二年、后金天命七年（1622年），兵部尚书兼东阁大学士孙承宗来到山海关。

孙承宗到达山海关后，巡行边塞，在山海关和八里铺转了一圈后找来了王在晋，并询问道：“新城修筑好以后，是不是要将旧城的兵马移四万人来驻守？”

王在晋说：“我打算另外设立一支四万人的军队来守城。”孙承宗不愧是给皇帝当老师的，一听就直接点出了问题之所在，并说道：“这样一来，八里铺就有八万兵了？”王在晋还没回味过来，顺口答道：“是的，没错啊。”孙承宗可能是感觉王大人不太聪明的样子，点是点不透了，遂直接说道：“这样一来，八里铺就有八万兵了，可是一片石西北不派兵驻守吗？在八里铺内修筑重关，新城后面就是旧城，旧城前面埋的地雷是用来对付敌人的，还是用来对付自己新兵的？新城可以守的话，还用得着旧城吗？新城要是守不住，四万守军败退到旧城城下，你是开门放他们进来，还是闭关守城，看着他们死绝？若四万守兵倒戈，你是打算开关放敌人进来，还是闭关投降敌人？”

王在晋可能一时反应不过来，缓了半天说道：“当然不能开门，我可以让他们从关在的三道关进来，此外，我准备在山上建三座营寨，接应败退的部队。”

孙承宗这下是真的恼火了：“士兵没有溃败就修筑营寨等待他们，你这是在教士兵逃跑吗？况且逃跑的士兵可以进来，敌人也可以尾随他们进来。你现在不为恢复做打算，却在这闭关自守，把关外防线全部撤离，还天天在朝廷争斗，京都以东还有安宁之日吗？”王在晋无话可说。

孙承宗于是召集诸将商议关外防守的问题。袁崇焕主张守宁远，阎鸣泰主张守觉华岛，袁崇焕向孙承宗请示：“在宁远驻扎五千兵力，以壮十三山的声势，然后派遣将领带兵去救援十三山。宁远距离十三山只有两百里，可以轻易占据锦州，如果不行再退守宁远。”

孙承宗采用了袁崇焕的建议，主筑宁远，并上奏王在晋的不足，“笔舌更自迅利，然沉雄博大之未能”，熹宗准奏，并送了王在晋一张飞机票，改任其为南京兵部尚书，遂令孙承宗督师蓟辽，照例赐尚方剑一口。

天启二年、后金天命七年（1622年）八月，孙承宗督师蓟辽，径至宁远，以马世龙为总兵官，令游击将军祖大寿守觉华岛，副将赵率教守前屯，以阎鸣泰为辽东巡抚，以鹿善继、王则古为赞画。又让袁崇焕建造营房，李秉诚训练火器装备，鹿善继、王则古处理军需物资，沈棨、杜应芳维修甲仗，孙元化修筑炮台，宋献、程仑购买军马，万有孚采伐树木，鲁之甲拯救难民，杨应乾招募辽人编制成军队，“以辽人守辽土”。

孙承宗发现先前关上的士兵没有纪律，而且有大量的不符合条件的人冒领军饷，于是孙承宗阅兵后，将河南、真定等地不符合条件的士兵全部遣回。将鲁之甲所拯救出的难民征召七千人出来去驻守前屯，杨应乾招募的辽人军队去镇守宁远，请求朝鲜声援辽东，又犒赏东江镇的毛文龙，让他四面防卫。并传令给沈有容进据广鹿岛。

孙承宗更定军制，申明职守；于宁远附近，筑堡修城，练兵十一万，造铠仗数百万，开屯田五十顷，兵精粮足，壁垒森严。

登莱巡抚袁可立与孙承宗同为天启二年殿试同考官，共同主辽期间偶尔哈赤也是经常“为之奈何”。孙承宗将辽海防务委之于袁可立，十分倚重。