博洛率清兵连续攻克绍兴、温州、台州、金华等地，又转攻义乌。
张国维抵死守御，无奈势孤力弱，饷匮兵虚，相持数日，渐渐支撑不住。清军破城后张国维宁死不降，遥望江南，拜别明陵，作了绝命诗三章，“忠孝不能两全，身为大臣，谊在必死。汝二人或尽忠，或尽孝，各行其志，勿贻大母死，使吾抱恨泉下！”掷笔于地，付遗书于次子，投园池而死，年五十有二。
博洛又率军进拔衢州，清兵大至，官民逃匿，城虚巷空，龙游遂失。衢州只剩府城孤立，但好在城防坚固，四方明朝显贵皆来避乱。
伍经正面对清大军压境、山雨欲来风满楼之境地，知其不可为而为之。直至清征南大将军贝勒博洛兵至衢州城下，伍经正率守军官吏及百姓顽强抵抗。唐王朱隶键闻衢州告急，急令兵部侍郎兼石佥都御史杨文骢与诚意伯刘孔昭共援衢州。途中与清兵遇，杨文骢被清军追骑俘获，与监纪职方主事孙临具不降而被杀。
衢州援败，城遂破。伍经正投井而死，巡抚王景亮、推官邓严忠自缢。蜀王朱盛浓、乐安王朱谊石、镇将张鹏翼、吴凯、总兵项士鸣等文官武将皆被清军所杀。浙东已定，博洛遂下令移师福建，准备攻打隆武帝朱聿键。
朱聿键据守福建，颇思振作，不似弘光帝的昏庸，宫内也只有王妃曾氏，知书达礼，还算一位贤内助。且说朱聿键于清顺治二年、南明弘光元年（1645年）在福州正式称帝时，改福建称福京，改福州为天兴府。升郑芝龙为平虏侯、郑鸿逵为定虏侯，封郑芝豹为澄济伯、郑彩为永胜伯。以黄道周为吏部尚书、武英殿大学士，蒋德璟为户部尚书、文渊阁大学士，朱继祚为礼部尚书、东阁大学士，曾樱为工部尚书、东阁大学士。
隆武帝虽为英明之主，却一直为郑氏家族集团所架空。以郑芝龙、郑鸿逵、郑芝豹、郑影为首的郑氏家族，都是大海盗头子出身，数十年横行福建、广东、浙江一带沿海，兼商兼盗。他们在崇祯初年受招安，明朝擢封为南安伯。郑芝龙趁天下大乱之际一直忙于扩大地盘，充实自己的私人力量。当然，郑家也是有忠臣的，就是郑芝龙之子郑成功。
郑成功原名郑森，是郑芝龙和日本老婆田川氏所生。郑芝龙有一次带郑成功入宫，隆武帝见之大悦，以手抚其背，说：“恨无一女配卿，卿为尽忠吾家，毋相忘也。”赐郑森名成功，命为御林军都督、仪同驸马都尉，时人称之为“国姓爷”。
当时长江下游的民兵，统已沦亡，只杨廷麟尚固守赣州，受唐王封为兵部尚书，又有湖广总督何腾蛟，收降李自成余众将领刘体仁、郝摇旗、李锦等，他与湖南巡抚堵胤锡，上书唐王，力谋恢复。
何腾蛟请隆武帝朱聿键移都湖南，被郑芝龙等所阻。朱聿键无奈，命大学士黄道周出关募兵，黄道周手无寸铁，只带着幕客数员，闲关跋涉，募众数千人，但仅有十几匹马，还有可以供应一个月的粮食，出仙霞关，抗击清兵，但被清兵击败。黄道周又率队向婺源出发，却被洪承畴侦悉行踪，遣徽州守将张天禄率兵袭击，黄道周被俘，送至南京狱中。
清廷命洪承畴劝降，黄道周写下这样一副对联：“史笔流芳，虽未成功终可法；洪恩浩荡，不能报国反成仇。”将史可法与洪承畴对比。洪承畴又羞又愧，上疏请求免道周死刑，清廷不准。期间其妻蔡氏来信：“忠臣有国无家，请不要顾及家里。”
黄道周就义时留了一封血书送给家人：“纲常万古，节义千秋；天地知我，家人无忧。”死后，人们从他的衣服里发现“大明孤臣黄道周”七个大字。他的门人蔡春溶、赖继谨、赵士超和毛玉洁同日被杀，人称“黄门四君子”
朱聿键闻道周殉难，痛哭一场，携数千明兵“御驾亲征”决意冒险赴湘。此时降将金声桓部队已经占领了吉安，很快推进到赣南。清军汉将高进库（高杰原部下）等人攻克重镇赣州。如此一来，这个联结湖南、福建、广东等地的咽喉要地，落入清朝手中。
总领大军的郑芝龙只想割据福建，独享一方，朱聿键自福州出发，直至延平。郑影等人忽然弃新城（今江西黎川）而逃，门户大开。原来郑芝龙早已暗中与洪承畴约降，仙霞岭二百余里，空无一人。清贝勒博洛遂自衢州出发，率兵过岭，长驱入关。降将方国安、阮大铖也随清军入闽，阮大铖病死于随军攻打仙霞关的石道上。方国安途中阴谋反清，被郑芝龙揭发其书信，一门被处死于延平。
隆武帝因清军已攻入仙霞关，闻讯逃出延平，又想取道汀州去江西。隆武帝奔至汀州城在关帝庙，从骑已多半溃散，清军也从后追上，周之藩谎称自己是隆武帝，掩护帝后逃走，自己则舍身战斗。其手杀数十人，最后脑后中箭，坠马被杀。清军继续追杀隆武帝，将军熊纬督二十余人格斗，最后喉咙中箭而死。
恰好总兵姜正希率兵来卫，朱聿键方得入城守御。刚退回城中，忽报城西有明军数百名，竖帜前来，姜正希只道是遗老入卫，开城相应，谁料来者都是敌兵，急忙挥众抵敌，已是不及。那时清兵蜂拥入城，霎时间已将隆武帝曾妃等掳去。姜正希还思截夺，可奈箭如飞蝗，不能上前，部兵多被射伤，只得遁走。清兵掳了朱聿键等，东渡九龙潭，忽听得一声呜咽道：“陛下宜殉国，妾先去了。”清兵忙各注视，见曾妃已跃入水中。
曾妃已死，清兵监守愈严，唐王屡思自尽。既到福州，城内外已统是清兵扎驻，贝勒博洛早袭占福州。清兵牵唐王见博洛，博洛也不细问，令幽系别室。这唐王已偷偷禁食数日，奄奄垂尽，是夕便滴下血泪几许，长叹一声，瞑目而逝。
博洛分兵下漳泉诸郡，闽地尽为清有。郑芝龙即奉表降清，独郑芝龙的儿子郑成功，前蒙唐王赐姓，封为御营中军都督，受明厚恩，不肯归降，率部南下出奔海岛。