隆武帝朱聿键败没后，其弟朱聿鐭于南明隆武二年、清朝顺治三年（1646年）十一月，在大学士苏观生及广东布政使顾元镜等的拥立下在广州称帝，改元绍武，是为绍武帝，以明年为绍武元年。苏观生因拥戴有功，被命为首席大学士，封建明伯，掌兵部。在海上招来了石壁、马玄生、徐贵相、郑廷球四姓海盗，授为总兵。

同时，在两广总督丁魁楚、广西巡抚瞿式耜、巡按王化澄与吕大器等拥护下，明神宗朱翊钧之孙朱由榔在梧州监国。朱聿鐭在广州即位的消息传到梧州，为收拾广东民心，明神宗朱翊钧之孙朱由榔东返肇庆，并于同月宣布即皇帝位，改第二年为永历元年，追尊其父朱常瀛为端皇帝。

朱由榔称帝后立刻派遣兵科给事中彭耀、兵部主事陈嘉谟前往广州，以藩王礼节拜见朱聿鐭，规劝其取消帝号。首席大学士苏观生大怒，斩彭、陈二人，又令陈际泰督师攻打肇庆。

朱由榔的永历政权也调兵遣将，以广东学道林佳鼎为兵部右侍郎总督军务，夏四敷任监军，会同从韶州调来的武靖伯李明忠带领一万多名士卒迎击。

南明隆武二年、清朝顺治三年（1646年）十一月二十九日，内战正式爆发，双方在广东三水县城西交战，绍武政权的军队大败，陈际泰临阵脱逃。

林佳鼎初战告捷，踌躇满志，命令士卒昼夜行军，直奔广州，企图一举扫灭绍武政权。绍武方面的总兵林察利用与林佳鼎同族和过去共事关系，采取伪降诱兵深入之计，指使徐、马、郑、石四姓伪降。林佳鼎轻信寡谋，依约率部乘船前往三山，突然遭到四姓兵的攻击。林佳鼎部所乘内河小船无法同四姓海上大船作战，被迫登陆迎敌。又因地理不熟，陷入了三尺多深的泥淖，结果一败涂地，林佳鼎和夏四敷溺死于水中，李明忠单骑逃出，部下兵员几乎全军覆没，绍武军大获全胜。大捷消息传到广州，苏观生下令广州张灯结彩粉饰太平。

正当绍武、永历二帝自相残杀之时，清将佟养甲、李成栋奉贝勒博洛命，由闽趋粤，连下潮州惠州，已临近广州附近。

李成栋命人伪装混入广州城，又精选清兵300人，进入广州城北花山，内应脱去头上的伪装，露出辫子，挥刀大呼“大清军队到了”，广州便满城奔溃，紧接着，大队清兵从东门冲入。有人报告清军来袭，苏观生还以妄言惑众把报信人处斩。转眼之间，清军登上城墙，随即去掉伪装，露出辫子，乱箭下射，城中顿时混乱起来。

不久，清军压境的战况得到证实，苏观生急令关闭城门，调兵作战。可是，精兵都派往肇庆方面去对付永历朝廷，一时调不回来，苏观生遂率领部队与清兵激战一昼夜，清兵本有撤退之意。但内奸谢尚政旋引其他清兵入城，广州即陷落。苏观生见大势已去，写下“大明忠臣义固当死”八个大字后，自缢死亡。

朱聿鐭见大势已去，拖了一条被子混在乞丐当中，打算爬城墙逃走，但被追骑赶上抓获，囚于东察院。李成栋派人送来饮食，朱聿鐭拒绝道：“我如果喝你的一勺子水，有什么面目见先人于地下！”后自缢而殉国，结束其四十日的统治。绍武朝的主要官员如何吾驺、王应华、顾元镜等降清，而广州内的二十四个明朝藩王则全数被杀。朱聿鐭死后，朱由榔成为南明唯一的皇帝。

李成栋既得广州，分兵攻高明等州，自督军进攻肇庆。此时瞿式耜尚在峡口，即奏请增兵，决一死战。偏偏永历帝左右，有个司礼监王坤，只劝其西走，丁魁楚也附和王坤，于是朱由榔连夜出奔。

瞿式耜闻信，急回军挽驾。到了肇庆，闻朱由榔已西去数日，瞿式耜忙驰至梧州，又闻朱由榔已奔平乐，瞿式耜又及抵平乐见朱由榔。

李成栋部由三水进至高明，留守肇庆的明两广总督朱治涧不战而逃。李成栋即命部将罗成耀留镇肇庆，自己领主力进攻梧州，梧州守将陈邦傅亦弃城而逃。

瞿式耜抵达平乐，闻肇庆、梧州，统已失陷。此时王坤又倡议转走桂林。瞿式耜想出言劝阻，转思桂林通道湖广，可与何腾蛟相倚，亦非无策，乃扈驾前行。