一、扫荡倭寇
嘉靖年间，倭寇的侵扰成为明朝东南沿海的一大威胁，肆虐的海盗不仅掠夺财物，还残害百姓，严重影响了社会安定与经济发展。王崇古，这位嘉靖二十年（1541年）的进士，在担任兵备副使期间，展现出了卓越的军事才能和坚定的抗倭决心。
王崇古在常镇（今江苏常州一带）任兵备副使时，面对猖獗的倭寇，他没有选择避战，而是主动出击。在夏港，他精心部署，利用地形优势，对倭寇发起了突然袭击，打得敌人措手不及。此次战斗，王崇古的军队凭借着精准的战术和高昂的士气，一举击溃了倭寇，取得了重大胜利。
倭寇在遭受重创后，企图逃离战场，但王崇古并未给敌人喘息之机。他迅速组织追击部队，紧随倭寇之后，一路追至靖江。在靖江，王崇古再次展示了他的军事才能，指挥军队对残余倭寇进行了围剿，确保了这次抗倭行动的彻底性。靖江之战，不仅消除了倭寇的威胁，也极大鼓舞了当地民众的士气。
在陆地上取得胜利后，王崇古并未满足，他深知要根除倭患，还需控制海洋。于是，他与当时的名将俞大猷联手，共同策划海上追击行动。他们多次出海，寻找倭寇的踪迹，对其进行精准打击。在一系列的海上战斗中，王崇古和俞大猷的联合作战，使得倭寇无法在沿海地区立足，大大削弱了其侵扰的能力。
王崇古在抗倭斗争中的英勇表现，得到了朝廷的高度认可。他因此被晋升为陕西按察使、河南右布政使等要职，其影响力也随之扩大。
二、镇守陕西
嘉靖四十三年（1564年），正值边疆动荡之时，王崇古受命出任右佥都御史，巡抚宁夏，肩负起守护边疆的重任。他不仅深谙兵法，还重视实地考察，对宁夏边塞的险要地形进行了详尽调研，为后续的防御策略奠定了基础。王崇古亲自督修战守工事，强化边防，同时积极侦察敌情，采取分化瓦解敌军的策略，一旦时机成熟，即率军主动出击，直捣敌巢。正是这一系列举措，使得宁夏在周边地区遭受侵扰时，“独完”无损，彰显了王崇古卓越的军事领导能力。
河套地区的吉能，作为东蒙古鞑靼吉囊之子，频繁侵扰内地，成为陕西、宁夏、甘肃三省的共同威胁。面对这一挑战，朝廷于同年冬季委任王崇古为兵部右侍郎兼右佥都御史，统辖陕西、延宁、甘肃军务，旨在改变边疆不利态势。上任伊始，王崇古立即调整战略，下放权力，要求各级将领以军法严格指挥，精心绘制地图，制定作战计划，分派给赵岢、雷龙等将领执行。
通过增强防御、周密部署，王崇古成功稳定了边境局势。在吉能及其部众再度进犯之际，王崇古指挥有方，不仅有效阻击了敌军，还巧妙调动雷龙将军从兴武秘密出兵，突袭着力免（吉能部下）营寨，取得了重大战果。当吉能再次挑衅时，王崇古迅速反应，一方面亲率边防军迎击，另一方面令雷龙从花马池、长城关发起进攻，最终大获全胜。
王崇古在陕西边疆的七年里，凭借其出色的军事才能和坚定的战略眼光，不仅多次挫败了吉能等外敌的侵扰，还显着提升了边防实力，确保了边疆的安宁。他的赫赫战功，赢得了朝廷的认可，从右佥都御史晋升至右都御史，这不仅是对他个人贡献的肯定，更是对他在维护国家边疆安全方面所做出的巨大努力的最高褒奖。
三、怀柔政策
嘉靖二十年（1541）以来，吉囊的弟弟俺答汗以及其部众对明朝边疆构成了长达三十年的威胁，尤其是东至蓟镇、昌平，西至陕西四镇的广大区域，频繁遭受侵扰。叛贼赵全等人更是在俺答的支持下，占据古丰州，招募流民，构建起名为“板升”的坚固据点，俨然形成独立王国，严重挑战了明朝的边防安全。尽管朝廷悬赏缉拿赵全，但效果甚微，边关将领腐败现象严重，甚至与敌勾结，导致边防情报泄露，边疆形势日益严峻。
隆庆四年（1570），王崇古受命统领宣府、大同、山西的军务。他深知硬碰硬的军事对抗难以持久，遂采取了一种更为智慧的策略——怀柔政策。首先，他严禁边军士兵擅自出关，同时派遣熟悉敌情的人员深入敌营，充当间谍，以获取第一手情报。更重要的是，王崇古发布招抚令，承诺凡率众来降或自行逃回的汉族和少数民族军民，均会受到妥善安置和安抚，此举极大地动摇了敌方人心，加速了叛乱分子的瓦解。
同年冬天，一个转折点出现。把汉那吉，俺答汗的孙子，因家庭矛盾和个人遭遇，携妻儿十余人投奔明朝，成为王崇古实施怀柔政策的关键契机。王崇古意识到，通过把汉那吉可以进一步分化俺答汗的力量，削弱其对边疆的威胁。于是，他与巡抚方逢时共同上奏，提出了详细的应对策略，主张利用把汉那吉的归顺，迫使俺答汗交出赵全等叛贼，以换取把汉那吉的安全返回，同时，对把汉那吉予以优待，培植其为内部力量，以制衡俺答汗。
虽然朝廷内部对此策略存在争议，但大学士高拱、张居正力挺王崇古的建议，最终皇帝诏令授予把汉那吉指挥使的官职，以此作为对王崇古策略的肯定。这一决策不仅削弱了俺答汗的势力，还为边疆带来了难得的和平机会。通过怀柔政策，王崇古不仅解决了长期以来困扰明朝的边疆危机，也为后世留下了处理民族关系和边疆问题的宝贵经验。
四、隆庆和议
隆庆年间，明朝边疆再度面临严峻考验。俺答汗在掳掠西部少数民族后，闻讯把汉那吉投奔明朝，立即调集兵马，意图武力索要孙子。此时，明朝边关的形势异常紧张，一场大战似乎不可避免。然而，事情出现了转机。一克哈屯，俺答汗的妻子，因思念把汉那吉而终日悲泣，这种情感上的牵绊为和平解决危机提供了可能。
巡抚方逢时敏锐地捕捉到了这一契机，派遣百户鲍崇德进入俺答汗的军营进行谈判。面对俺答汗的强硬态度，鲍崇德巧妙地指出，孙子的安危远胜于战场上的胜利，若俺答汗执意用兵，只会加速把汉那吉的危险。这一番话触动了俺答汗的心弦，当他得知把汉那吉在明朝受到了善待，态度开始软化，并派使者前来确认情况。