一、早年经历
申时行，出生于明世宗嘉靖十四年八月十六日，也就是公元1535年9月12日，他是长洲（现今的江苏苏州）人，出自富商申士章之家。他的早年经历充满了转折与机遇。由于其祖父在年幼时过继给了徐姓舅家，申时行在童年时期姓徐。直到后来高中状元，他才改回申姓，归宗认祖。
苏州，自古以来便是江南文化的发源地，商业的繁荣吸引了无数商贾云集于此，同时，它也孕育了一代又一代的文化名人。在这种独特的文化与商业双重滋养的环境中，申时行自幼展现出了超乎常人的聪明才智，他天资聪颖，勤奋好学，既承袭了文人的儒雅气质，也汲取了商人的精明干练。
申时行的学术道路异常耀眼。在应天府乡试中，他以第三名的优异成绩脱颖而出，获得了进京参加会试的资格。对于任何一个学子来说，这都是一个至关重要的转折点，意味着离最高学府的殿堂仅一步之遥。
二、翰林编修
在嘉靖四十一年（1562年）的春天，一场决定无数士子命运的殿试在京师展开。申时行以其卓越的才华，在近三百名应试者中脱颖而出，被评定为榜首，荣获状元之誉。根据惯例，状元将被授予翰林院修撰的职位，负责编纂国史，申时行自然也不例外。进入翰林院后，他勤勉工作，不久便晋升为左庶子，虽然名义上是东宫左春坊的长官，但实际上，申时行更多地是在以左庶子的身份执掌翰林院事务。随后，他又被提升为礼部右侍郎，成为礼部的副手，负责协助部长处理各项礼仪与文化事务。
然而，申时行的仕途并未止步于此。在经历了世宗与穆宗两朝交替之后，万历五年（1577年），他被委任为吏部右侍郎，这是一个极其关键的位置，因为吏部掌握着官员的选拔与任命，其重要性在六部之中居首。此时，明朝的改革派领袖张居正正处于权力的巅峰，作为申时行的“座主”（即主考官），他对申时行寄予厚望，认为他是一个可以信赖并执行自己改革计划的人选。
申时行在吏部的任职，完全符合张居正的期待。他处处遵循张居正的意愿，使得后者对申时行的评价极高，认为他是个难得的能人。然而，就在张居正改革如火如荼进行之际，他的父亲不幸病逝，按照传统礼制，张居正必须离职回家守孝三年。面对国家改革的大局和个人的伦理责任，张居正陷入了两难境地。户部侍郎李幼孜提出的“夺情”建议，即让张居正继续留任，引发了朝野的广泛争议。张居正的政敌趁机群起而攻之，迫使他在舆论的压力下返回江陵老家履行丧礼。
三、进入内阁
张居正离开京城返乡守丧之际，深知国家大事不能无主，于是向神宗皇帝推荐了两位亲信进入内阁，以补足他在朝中的力量。这两位人选分别是礼部尚书马自强和吏部右侍郎申时行。神宗接受了张居正的建议，随即下诏，马自强被任命为礼部尚书兼文渊阁学士，而申时行则被授以吏部右侍郎兼东阁大学士的重任，二人正式加入内阁，参与国家重大决策。
申时行的晋升并不止于此，不久之后，他便被提升为礼部尚书兼文渊阁大学士，这一连串的升迁，显示了他在朝廷中的地位与影响力日益增强。此时，内阁中除了新入阁的马自强和申时行之外，还有吕调阳和张四维两位老臣。然而，吕调阳因年事已高且身体多病，实际上已经很少参与内阁的日常工作，这就使得实际在内阁中活跃的阁臣仅剩下张四维、马自强和申时行三人。
在张居正离京的日子里，神宗皇帝特别下令，所有重大国事需迅速报告给张居正，由他做出最终裁决，而一些较为次要的政务，则交由张四维全权处理。在这样的权力架构下，申时行在内阁中的位置显得较为边缘，主要是起到辅助作用，尚未能发挥其独立的决策能力。尽管如此，申时行并未因此气馁，他深知自己在内阁中的地位仍有待提升，而这也是他进一步施展抱负的机会。
四、斗争言官
万历十年（1582年）的夏天，随着张居正的离世，朝廷内的权力格局发生了显着的变化。张居正去世不久，便遭到了反对派的猛烈攻击，其政策和影响力被逐一清算。张四维接替张居正成为内阁首辅，但次年，因父亲去世，他也不得不回乡守丧，留下了一个权力真空。此时，吕调阳和马自强相继病逝，使得内阁中资深的阁臣只剩下申时行一人。申时行自然而然地接过了内阁首辅的位置，开始了他领导下的政治新时代。
申时行面临的内阁包括了新晋的余有丁、许国、王锡爵和王家屏四位阁臣。其中，许国和王锡爵与申时行同为南直隶人士，彼此间的关系十分紧密，而王锡爵更是由御史李植等人推荐入阁，原本意图是牵制申时行，结果却成为了申时行的坚定支持者。余有丁和王家屏在这样的联盟面前显得势单力薄，不得不依附于申时行的势力之下。申时行借此有效掌握了内阁的主导权。
然而，申时行的执政并非一帆风顺。在张居正去世后，反对派对他的政策进行了清算，神宗皇帝甚至下令追革张居正的官衔，废止其改革措施。申时行虽然并不完全赞同张四维对张居正的全面否定，但在接任首辅后，为了稳定局势，他还是选择了宽大处理，起用了稳重守成的官员，开放言路，这一系列举措赢得了朝中大部分官员的赞许。
但是，随着言路的开放，御史、给事中等言官变得活跃起来，他们开始对张居正执政时期的政策进行批评，甚至波及到了申时行本人。申时行起初试图以宽容的姿态应对，但内心的不满逐渐积累，最终爆发。从万历十二年（1584年）开始，申时行开始直接对抗言官，尤其是针对那些批评张居正并且间接指责他本人的言论，他采取了强硬的措施，力求贬黜这些官员。