一、早年经历
方从哲，字汝愚，号中涵，出生于明嘉靖四十一年（1562年），是浙江德清县人，但在户籍上属于直隶顺天府锦衣卫军籍。他自幼勤奋好学，专注于《诗经》的研究，才华横溢，以顺天府学增广生的身份，在万历十年（1582年）的顺天乡试中脱颖而出，名列第81。紧接着，方从哲在万历十一年（1583年）的会试中，取得了第300名的成绩，随后在殿试中荣获二甲第30名，从而被授予翰林院编修的职位。
方从哲的文采斐然，他的文章深受首辅王锡爵赏识，甚至被收录入文选，成为学子们的楷模。在东宫讲学期间，方从哲多次上书神宗，坚决维护太子（未来的明光宗）的地位，展现了他的忠诚与远见。[3]他的政绩与学识得到了认可，被擢升为从四品朝列大夫，担任过国子监司业、祭酒等职，期间他还上书请求停止开矿收税，这一主张与东林党和浙党相契合，体现了他关注民生的一面。
然而，方从哲的正直性格也给他带来了麻烦。当司礼监秉笔太监田义试图让自己的侄子不经正当程序获得官职时，方从哲坚决拒绝了这一要求，这引发了田义的不满，后者威胁要整治方从哲。为了避免不必要的纷争，方从哲选择了辞职归隐，开始了长达十多年的闲居生活。
在家闲居期间，方从哲并未与世隔绝，反而扩大了自己的社交圈子，声望日益提升。东林党领袖叶向高非常赏识方从哲，多次举荐他续修玉牒、出任礼部左侍郎兼翰林院侍读学士，但方从哲并未立刻接受这些职务。
万历四十一年（1613年），朝廷面临严重的官员短缺问题，尤其是找不到合适的人选来主持会试。在这一关键时刻，叶向高再次举荐方从哲，希望他能出任礼部右侍郎，协助主持会试。经过叶向高的多次上书，明神宗最终决定委任方从哲为吏部左侍郎，与叶向高一同主持会试。
然而，神宗的这一中旨任命引起了言官的反对，因为这与吏部的推荐名单不符。面对压力，方从哲提出辞呈，但神宗坚持己见，执意任命他。方从哲此次复出，不仅预示着他将面临的复杂政局，也为他日后成为内阁首辅的道路埋下了伏笔，昭示了他未来职业生涯的坎坷与挑战。
二、成为独相
方从哲的复出并非偶然，而是基于当时内阁的特殊需求。万历四十一年（1613年），叶向高作为内阁中唯一的阁臣，曾多次上书请求增补阁员，却始终未能得到神宗的回应。[1]这一局面使得内阁的运作陷入困境，决策效率大大降低。然而，当方从哲重新踏入政坛，明神宗似乎看到了解决内阁人员短缺问题的契机，迅速下令增补阁臣。
同年九月，方从哲与前礼部左侍郎吴道南一同被任命为礼部尚书、东阁大学士，加入内阁，共同辅政。但吴道南尚未及时抵达京城，实际上，方从哲与叶向高二人承担起了内阁的主要职责。
起初，叶向高作为首辅，掌握着内阁的决策大权。然而，当他离开京都时，方从哲便不得不独自面对政务的重担。他曾试图召回旧辅臣沈鲤以加强内阁力量，但这一提议遭到皇帝的否决。面对御史钱春对他逢迎皇上的指责，方从哲主动请辞，显示出他面对批评时的谨慎态度。神宗的安抚与挽留，则表明了皇帝对方从哲的信任与倚重。
随着吴道南的到来，内阁看似回归常态，但不久之后，吴道南因舆论压力和个人原因，多次请求离职，并最终因母丧而离京返乡。方从哲再次面临着独自辅政的局面。他深知内阁力量薄弱的危害，立即上奏请求推举并补充阁臣，以增强内阁的决策能力。
然而，神宗似乎对方从哲的能力充满信心，认为一人足可胜任，始终未有增补阁臣之举。[9]面对这样的状况，方从哲并未放弃努力，而是坚持每月上奏，力图改变现状。尽管如此，神宗的态度未曾改变，内阁始终维持着方从哲一人辅政的局面，直至万历帝驾崩，泰昌帝即位，方从哲才得以卸下独相的重任。
三、入阁期间
方从哲入阁辅政之际，明朝正面临一系列内忧外患。从东宫讲读的中断，到皇家婚事的延误，乃至地方赋税、灾变频发，方从哲均屡次上奏，力图劝谏皇帝，但大多数情况下，他的建议并未得到积极回应。尽管方从哲在朝中不乏支持者，但他的劝谏往往流于表面，实质上并未对皇权形成有效制约，也未能从根本上解决国家的诸多问题。
在方从哲辅政时期，朝廷的党争氛围有所缓和，这在一定程度上是因为言官中已缺乏真正敢于直言的清流派。然而，这种平静背后，是齐楚浙三党的崛起，特别是方从哲的门生亓诗教，作为齐党成员，其影响力日益显着，加剧了朝廷内部的派系斗争。
方从哲执政期间，皇帝的怠政倾向愈发明显，国家机器运转不畅，从中央到地方，各级官员大量空缺，国家政务陷入瘫痪状态。[6]与此同时，边疆危机不断升级，万历四十六年（1618年），大清军队攻占抚顺，朝野震惊，但皇帝的应变措施迟缓无力。[7]方从哲之子方世鸿的杀人案更是让其陷入舆论漩涡，尽管方从哲请辞，但皇帝并未批准。
面对国家的重重危机，方从哲的应对显得乏力且被动，他虽多次请求罢免，但皇帝的挽留让他难以抽身。在辽东战场，明朝军队连连失利，方从哲虽上奏请求对策，但皇帝的冷漠回应使局势进一步恶化。辽阳的失陷，被视为明朝灭亡的前兆，而方从哲作为辅政首辅，难辞其咎。
万历四十八年（1620年），当皇帝病重之时，方从哲与九卿台谏共同询问皇帝病情，直至皇帝驾崩，方从哲参与了接受遗命的重要过程。然而，方从哲在位期间的作为，被后世评论家视为明朝衰亡的重要原因之一。
四、红丸大案