一、早期事迹
赵良栋的早期军事生涯始于1645年（顺治二年），这一年正值清军平定陕西之际。赵良栋积极响应招募，加入了陕甘总督孟乔芳的部队，并被委任为潼关守备。在随后的几年里，赵良栋随军征战秦州（今甘肃天水）和巩昌（今甘肃陇西），在对抗叛将贺珍和武大定的过程中表现出色，因此晋升为宁夏水利屯田都司。这次晋升不仅是对他个人能力的认可，也是对他军事才能的肯定。
1648年（顺治五年），赵良栋参加了平定米喇印、丁国栋起义的战斗，在这场战斗中再次展现出非凡的军事才能，得到了进一步的晋升，成为高台游击。这一时期，赵良栋已经逐渐成长为一名能够独当一面的将领。
1656年（顺治十三年），赵良栋随同经略洪承畴远征云南、贵州，此次征战旨在平定该地区的叛乱。在这场征战中，赵良栋被授予督标中军副将之职，负责指挥中军作战。在洪承畴的领导下，赵良栋及其部队取得了显着的战绩，不仅稳固了清廷对云南、贵州的统治，也为他赢得了更多的荣誉。
1662年（康熙元年），赵良栋因其在云南、贵州地区的突出表现而被擢升为云南广罗镇总兵。在此期间，赵良栋面对马乃、陇纳、水西等地苗族起义，采取了坚决有效的措施进行平叛，不仅稳定了当地局势，还促进了该地区的社会稳定与发展。赵良栋的这些行动，进一步证明了他在处理复杂军事问题上的能力和智慧。
1665年（康熙四年），赵良栋因为父亲去世而辞官，返回家乡守孝。按照当时的习俗，官员在父母去世后需要辞官回家守孝三年，这是对传统孝道的一种体现。1669年（康熙八年），在守孝期满后，赵良栋被重新启用，担任山西大同总兵。
二、调任宁夏
672年（康熙十一年），赵良栋被调任为天津总兵。然而，就在不久后的1673年（康熙十二年），平西王吴三桂在云南发动了反清叛乱，拉开了“三藩之乱”的序幕。随着叛乱局势的发展，各地纷纷受到影响。到了1674年（康熙十三年），宁夏地区发生了兵变，提督陈福不幸遇害，局势变得十分紧张。
在这样的背景下，赵良栋在甘肃提督张勇的举荐之下，被清廷擢升为宁夏提督，肩负起了稳定宁夏局势的重要任务。赵良栋深知此时的宁夏兵变不仅威胁着当地的安定，也可能影响整个西北地区的稳定。因此，他决定采取果断措施，一方面要稳定军队情绪，另一方面也要确保正义得到伸张。
赵良栋入京朝觐时，向康熙皇帝提出了一个重要的策略：诛除首恶，宽宥胁从。他认为只有这样才能够有效平息兵变，同时也能最大限度地减少不必要的伤亡。这一策略得到了康熙皇帝的支持与认可。随后，赵良栋将自己的妻子留在京师，亲自率领一百名精兵急赴宁夏，并沿途宣读皇帝的诏谕，以此来安抚士兵的情绪，稳定军心。
到达宁夏后，赵良栋开始着手调查兵变的真相。他很快查明了兵变的首恶是把总刘德、参将熊虎、以及营兵阎国贤和陈进忠。为了分散他们的党羽，赵良栋巧妙地让他们外出防守。在确定了他们的罪行之后，赵良栋按照法律程序对他们进行了审讯，并请求康熙皇帝批准将他们处决。在得到批准后，赵良栋迅速执行了判决，有效地清除了叛乱的核心力量。
与此同时，大将军图海正在平凉督军，指挥赵良栋与平凉提督王进宝等人共同征讨陕西提督王辅臣。赵良栋在这一过程中发挥了关键作用，他先后平定了秦州（今甘肃天水）、西和、礼县等地，有力地支持了清廷对叛军的镇压。
三、夺取四川
1679年（康熙十八年），赵良栋向康熙帝上书，表达了他愿意率领宁夏军队夺取汉中、兴安并进而规复四川的决心。他认为经过三年的训练，宁夏军队已逐渐变得纪律严明，士气高涨，渴望建立功勋。考虑到自己的年龄渐长，赵良栋希望能够抓住机会，不负皇恩。康熙帝对赵良栋的忠诚和决心表示赞赏，并予以批准。
同年八月，大将军图海制定了“四路进取汉中、兴安”的战略。根据这一计划，图海亲自率领将军佛尼埒进攻兴安；而赵良栋则被委以重任，率军进攻徽县。此外，毕力克图负责进攻略阳，王进宝则负责进攻栈道。这一系列的军事部署意在快速推进并控制四川的门户。
在接下来的几个月里，赵良栋率领军队迅速行动，先是攻克了密树关，并分兵袭击黄渚关，大败叛军，成功夺取了徽县。紧接着，他又占领了略阳，击退了叛将吴之茂。这些胜利为后续的军事行动奠定了坚实的基础。
到了十一月，赵良栋继续前进，夺取了阳平关，并攻打沔县。在此过程中，他与王进宝的部队在宁羌会师，被封为勇略将军，但仍兼任宁夏提督。赵良栋的这一系列胜利显示了他的军事才能和领导能力。
1680年（康熙十九年），赵良栋率领军队继续向四川挺进。当他率军进攻白水坝时，叛军沿江布阵，利用江水上涨的条件进行防御。面对叛军的密集箭雨，赵良栋激励士兵们勇敢向前，他亲自策马渡河，全军紧随其后，尽管遭到敌军火炮的猛烈攻击，但没有一人退缩。叛军见到如此英勇的攻势，惊慌失措，迅速溃散。赵良栋乘胜追击，先后在石峡沟、青箐山击败叛军，并攻取了龙安府，渡过了明月江，直奔绵竹。吴三桂任命的巡抚张文德见势投降，成都得以顺利收复，距离赵良栋出兵仅仅过去了十天。
鉴于赵良栋的杰出表现，康熙帝将其提拔为云贵总督，并授予兵部尚书衔，仍旧保留勇略将军的称号。赵良栋考虑到宁夏需要有人驻守，因此请求辞去总督职位，但未获批准。最终，清廷在宁夏设立新的总兵职位，任命赵良栋的儿子赵弘灿为宁夏总兵，而赵良栋则被命令率领宁夏镇兵前往云南继续征战。
四、平定云南
1681年（康熙二十年），在经历了前期的准备和战斗之后，赵良栋终于率领军队向云南进发，目标是彻底平定云南的叛乱。在此之前，王进宝已经夺取了保宁（今四川阆中），攻克了顺庆、重庆、遵义等地。赵良栋则先收复了象岭、建昌、纳溪、永宁等地，并请求分兵入云南。康熙帝同意了这一请求，命令赵良栋出兵建昌，同时命建威将军吴丹出兵永宁。