“放箭，阻止他们靠近别栅水门！”直至这十几只隋军的蚱蜢快船驶至距离别栅水门不到百尺远的地方，李棱才突然警觉，唯恐隋军使诈，忙命军士放箭阻止蚱蜢快船驶近别栅水门。

可是，等他明白过来这是杨素使的一计时，为时已晚了些。但见这十几只蚱蜢快船突然被人放起火来，刹时间变做了十几只火船，撞向了别栅水门。

太湖别栅修建在太湖的入江口处，本不易受到火攻，然而这十几只快船上面皆满载着易燃的桐油，快船一经撞上别栅的水门，船上满载的桐油倾洒而出，眨眼间便引燃了水门内外的江面。

伴随着别栅水门处火光腾空而起，李棱惊慌中望见远处的江面上有无数只隋军的黄龙战船乘风破浪，朝别栅疾驶了过来。

“杨素老儿，没想到我还是中了你的计了。”李棱恶狠狠地骂了一句，即命人打开别栅通往太湖一方的水门，紧急召集停泊于别栅中的所有叛军战船随自己舍弃别栅，向太湖撤退。

可怜他手下的大将吴伦，在率领二十只青龙战船出栅冲杀了一阵后，回头望见别栅水门处火起，发觉苗头不对，正欲命人掉转船头，撤回别栅，却被隋军先锋来护儿率领黄龙船队从后赶上，全歼于暗礁水域附近。

来护儿并不满足于仅仅取得歼来叛军二十只青龙战船这样的战果，马不停蹄率领着百十只黄龙战船穿栅而过，紧紧追赶着李棱进入了太湖水域。

太湖水栅被隋军攻破，李棱失去了他最后一个驻军的据点，心慌意乱之下也不知要率领残兵败将撤往何处去，只得率领着几百只青龙战船在广阔的太湖水面上与来护儿兜起了圈子。

本来按照双方此时的军力对比，叛军无论是战船，还是军士数量，都是来护儿所率隋军的两倍有余，若是稳住阵脚，掉转船头与隋军拚死一战，胜负尚在未知之间。

然而，这支叛军本就是一帮乌合之众，大多是由被杨广率军伐灭南陈躲藏于江河湖泊间侥幸逃脱隋军缉拿的南陈水军散兵游勇临时拚凑在一起组建的军队，加之此时其首领李棱无心与隋军恋战，战力更是大大打了折扣，在被来护儿一路赶着追杀途中，有少一半的战船和军士都主动脱离了船队，各自逃命去了，剩下的，有数十只战船相继被来护儿率领的船队赶上，投降了隋军，仅有不到一百只战船跟随李棱晕头转向地围着太湖绕了两圈，最终竟鬼使神差地转回到了太湖别栅，一头钻进了隋军主力舰队的包围圈中，包括叛军首领李棱在内，俱都乖乖做了隋军的俘虏。

杨素率领隋军主力，虽在太湖别栅一役中遭受小挫，损失了一艘“五牙”巨舰和数十只蚱蜢快船，然而使用火攻之计，一举攻破了太湖别栅，全歼了东路李棱叛军，也称得上是取得了一场完胜。

在率领水军大破太湖别栅的次日，杨素得到禀报，称李彻率军于半道设伏，大败受骗赶来增援太湖别栅的茅山叛军，至此，江南多路叛军只剩下南面高智慧统领的一路叛军还在浙东一带兴风作浪了。