和重臣们商量完了之后，朱载坖正式昭告天下，明年南巡南京，祭祀孝陵，这一举动无疑激起了巨浪，很多官员纷纷上疏，要求朱载坖不要南巡，列举了很多的原因，请求朱载坖不要南巡，但是朱载坖都是置之不理。

甚至有些官员上疏称：有人言，神龙不可以失所，人主不可以轻行，故八骏游而周替骊山，幸而秦亡。夏之太康，隋之炀帝皆以弃离宫阙，远事巡行卒致。祸败兴亡之迹，可为殷鉴。

就差指着朱载坖的鼻子骂了，把朱载坖比作隋炀帝这样的亡国之君，朱载坖也不惯着他们，该贬官的贬官，该申斥的申斥，反正朱载坖南巡的心意已决，谁说都没有用，尽管在南京的张居正也向朱载坖上疏，说南京宫殿陈旧，要维修起来十分麻烦，建议朱载坖缓一缓。

但是朱载坖依旧没有同意，下旨给张居正，将南京宫殿修整一两处可以居住就行，其余的不必大动，朱载坖当然知道，虽然朝廷每年也在拨款维修南京宫殿，但是无论是南京工部还是南京内守备太监，他们都认为皇帝远在京师，不可能到南京来的，所以朝廷拨的维护宫殿的银子，大部分都进了他们私人的腰包。

现在朱载坖要巡幸南京，他们害怕事情暴露，肯定会极力阻止朱载坖南巡的，朱载坖也通过密旨明确要求张居正告知他们，朱载坖对于追究之前的陈年旧事没有任何兴趣，只要修复部分宫殿，足够居住就行了。

在朱载坖的指示下，户部、兵部、五军都督府开始南巡的准备工作了，经过户部尚书马森的提请，朱载坖准允以济宁为界，济宁以北的州县，从藩库中拨出钱粮供应随驾护卫官军，然后从隆庆三年的起运钱粮中扣除，济宁以南的州县，运河解冻之后，将东南解运的本色田赋在沿路留下部分，以供随驾官军使用。

同时命令总督河漕都御史潘季驯巡察运河，查漏补缺，防止出现意外，都察院会同工部派出巡河御史和管河郎中巡视运河，同时内官监和工部打造、修理龙舟，准备出巡的车驾等物，兵部开始调集护卫官军。

同时兵部严令地方州县及按察使、镇守总兵官等，要扫除沿路的土匪、流寇等一切不法之徒，严防惊扰圣驾。

朱载坖则在安抚后宫，朱载坖南巡，李皇后肯定是要留在京师的，毕竟太子还小，需要他照顾，李皇后对此很不满，上次朱载坖去南京，因为是皇子，又是去办差，肯定不能带着当时还是裕王府的李氏去的，现在朱载坖都登基了，这次巡幸南京，还是不能带李皇后，李皇后虽然知道是因为太子还小的原因，但是也是觉得有些闷闷不乐的。

朱载坖只能来哄一下李皇后，朱载坖说道：“过几年等釴哥儿大些了，朕再次巡幸南京的时候，皇后就能随驾了。”

李皇后说道：“陛下这是什么话，这不是说臣妾有怨望之心吗！”

朱载坖赶紧否认三连，朕没有，朕不是，别瞎说，是自己感觉有些愧疚，所以才主动提出的，李皇后这才笑笑说道：“臣妾岂敢逼迫陛下，只是陛下记得才是，君无戏言！但是陛下这次南巡，带哪位妃子去呢？”