虽然收获颇丰，但北魏也不是毫无损失，小小的仇池尚且知道混水摸鱼，塞外的柔然汗国，当然也不甘示弱。

拓跋焘率西征军出发时，也考虑到了柔然的威胁，特别嘱咐宜都王穆寿：“郁久闾吴提与沮渠牧犍的交情很深，得知我讨伐北凉的消息，郁久闾吴提一定攻击我们的沿边要塞，所以我留下强壮的战马和武装战士，让你辅佐太子，等到田地庄稼收割完毕，就让军队立即前往漠南，分别进入防御阵地，等待蛮虏攻击时，引诱他们南下，然后发动夹攻，一定胜利。

凉州距离首都路途遥远，我不能及时救你，但只要你听从我的安排，相信不会出现大的危机。”

穆寿叩头表示支持，然而他却并没有听从安排。

立法院政务官公孙质，深得穆寿的宠信，二人都相信巫术卜卦之言，认为柔然绝不会南下，不但没有按拓跋焘的要求排兵布阵，甚至毫无戒备。

郁久闾吴提很快就动员大军南下，让哥哥郁久闾乞列归，牵制驻防在北镇的魏军，然后亲率精锐骑兵穿过边塞，深入北魏，直到善无的七介山。

平城方面接到战报，大为震动，四郊居民纷纷向城中逃命。

穆寿因为毫无思想准备，更是惊慌失措，打算关闭西门，护送太子拓跋晃逃往南山固守，窦太后坚决表示反对，才终于停止这一愚蠢的行动。

之后魏军重整旗鼓，发动反击，最终将柔然击退。

以拓跋焘的脾气，穆寿本来难逃一死，但适逢凉州大捷，拓跋焘心情大好，而且柔然的突击并没有造成不可挽回的损失，所以穆寿侥幸逃得一命。

如果接下来发生的事情能提前几个月到来，恐怕穆寿的运气就没那么好了。

平定北凉之后，拓跋焘返回平城，让乐平王拓跋丕与征西将军贺多罗，一起镇守凉州，把沮渠牧犍家族、北凉官员和居民三万多户，强迫迁到首都。

一切看起来都非常和谐，然而拓跋焘刚走两天，凉州的叛乱就爆发了。

439年10月3日，张掖王秃发保周叛变，准备复兴南凉，宣布独立，并拉拢源贺入伙。

源贺不认为这是明智的选择，竭力劝阻老哥，南凉早就灭亡多年，根基也已消失不见，谈什么复国？

但秃发保周的脾气倒是倔得厉害，暗中又与北凉遗民取得联系。

拓跋焘得知秃发保周起事之后，倒没有特别震惊，更多的是感到惋惜，而且秃发保周确实是“雷声大雨点小”，一连两个多月都没有大的动静。

但到了440年正月20日，拓跋焘已不能不加重视，因为逃到敦煌的前北凉沙州督导官沮渠无讳，突然发兵反攻已经被北魏占领的酒泉。

酒泉守将、北魏弋阳公元絜，对这批亡国的残余部队十分轻视，出城与沮渠无讳展开对话，试图以自己的口才将对方劝降。

沮渠无讳只觉惊喜不已，便诈称同意谈判。

无絜一副“不出我所料”的姿态，肆无忌惮地深入敌营，很快就堕入敌人的陷阱，遭到生擒，酒泉也陷入重重包围。

3月，酒泉彻底沦陷，落入沮渠无讳之手。

此时沮渠无讳仍与秃发保周密切合作，但沮渠无讳发现事情进展的比预期还要顺利，便想独吞凉州，一面攻击北魏的张掖，一面背叛了秃发保周。

秃发保周大为愤怒，可又担心遭到北魏和沮渠无讳的两面夹击，也不敢轻率出兵应敌，只得缩在番禾城中自守。

拓跋焘更加愤怒，于4月29日，派抚军大将军、永昌王拓跋健，率各军前往讨伐。

接到消息后，沮渠无讳瞬间有些后悔和秃发保周决裂，实际上他们联手也未必能抵挡北魏的攻势。

在生存面前，脸面是不重要的，沮渠无讳迅速派人向秃发保周致歉，并提议携手渡过难关。

秃发保周当场就把使者砍死，打定了主意就算最后死于非命，也绝不和沮渠无讳合作。

这次轮到沮渠无讳愤怒了，联盟无望，只好寄希望于奇迹，于是再度包围张掖，想置之死地而后生，夺得这一根据地，足够坚持一段时间。

遗憾的是，张掖居然如此牢固，沮渠无讳费尽九牛二虎之力，也不能攻克，只好退保临松。

张掖方面把前线的进展及时向中央汇报，拓跋焘意识到沮渠无讳这个亡命之徒，已然到了穷途末路，便授意拓跋健暂停攻打，转而下诏让沮渠无讳投降。

拓跋健可不想无功而返，沮渠无讳打不得，便全力攻打番禾，秃发保周不堪承受，仓惶逃走，最后走投无路之下，自杀身亡。

秃发保周一死，沮渠无讳更加恐惧，于8月29日，派酒泉警备区总司令梁伟，晋见拓跋健，请求投降，并归还酒泉城，以及俘虏的魏将元絜等人。