嘉靖二十七年四月初五这一天刚刚入夜，朱纨下达了攻打双屿港的命令。一霎时，停泊在磐石卫港口的包括大福船、二号福船、草撇船、海沧船、开浪船、快船在内的四百八十艘大小战船，载着六千多名官兵驶出港口，鼓风杨帆向着双屿港驶去。朱纨乘坐在雄狮号大型福船上指挥战斗。

双屿港位于佛渡岛和六横岛之间，在石柱头山与边浦岙之间的北港水道与南港水道是倭寇船只出没的主要航道。要打下双屿港，必须首先控制双屿港的南北水道，将倭寇战船消灭在双屿港内。为了有把握地打下双屿港，朱纨做了周密的部署。由卢铛、魏一恭和刘恩至三人率领主力从正面攻打双屿港，由福建巡海道副使柯乔、都指挥黎秀二人分别在双屿港外海域对倭寇进行拦截，防止倭寇从外海逃跑。

朱纨命令参军张四维率领十艘大型福船和其他战船四十艘驶向佛渡岛南面的海域，参军张汉率领十艘大型福船和其他战船四十艘驶向六横岛北面的海域，形成对双屿港倭寇的南北夹击之势。

由于突然改变了风向，船队的航行速度受到影响，但是战船仍然在向着双屿港前进。

双屿港已经隐隐约约出现在前面，朱纨把千里镜贴近眼睛注意观察着双屿港，此时双屿港似乎还安静，朦胧的月色透过翻卷着的云层投射在海面，海风卷起巨浪撞击在双屿岛周围陡峭的石壁上，发出令人恐怖的巨大声响。但是听不出双屿港有什么异样的动静。然而就在此时，从双屿港传来隐隐约约的喧闹声。朱纨判断，双屿港已经发现了明军的动态。

双屿港确实已经发现了大明水师已经靠近了双屿港，消息传开，双屿港三千多人高度紧张起来。由于日本的松浦隆信男、辛五郎、稽天新四郎、武藤源六郎、织田信义和中国的王直等人带着六百名以日本人为主的队伍去了永宁，双屿港的军事实力已经大为减弱，明军在这个时候来攻打双屿港，双屿港实在处于万分危急之中。

明军大军压境，敢于拼死的日本人大部分走了，怎么办啊。双屿港的大多数人都失去了主见。紧急情况下，葡萄牙人何亚八和平托站出来了。何亚八和平托一生从事海外冒险活动，曾经走遍了印度的恒河流域，到过马来西亚、菲律宾、文莱等东南亚国家，见过许多大世面，此时突然遇到紧急情况，何亚八和平托比起中国的许栋和徐海等人就显得比较有主见，何亚八大声说：“都不要慌，如果这样一团糟，只怕明军轻易就打进来了。这样吧，立即将港口闸门紧紧关闭。明军要打进来，唯一的路是港口前面的一排水闸，关闭了闸门，凭着我们五十座佛郎机炮和两千多支火枪，足可以抵抗几天，等去永宁的六百人回来，我们来个里外夹攻，不愁他姓朱的不滚回去，现在大家立即投入紧张的自卫战斗！”

何亚八的话居然起了很大作用。许栋、失刺沙也门、严山佬、徐海、李光头、高赠乌鲁美他郎等倭寇头领一齐动手，将港口大门外一排水闸关闭了，将用于海水涨潮时用来驾船出港的乌篷船吊上港口闸门的顶部，以防明军突入港内。

原来这港口水闸有三个作用，第一是，平日海水水位不高，水闸是开着的，当城门供人们出入；第二是，当海水涨潮的时候，关闭水闸，海潮就被挡在港口以外；第三是用于防御敌人攻打港口。一旦发生强敌攻打港口，立即关闭水闸，六丈多高的水闸犹如一堵高高的城墙，敌人是无法通过水闸打入港口内部的。而港口周围其他地方都有沿着海滩陡壁修筑的石墙。海岛上的礁石非常丰富，在海岛上，礁石就是最好的建筑材料，双屿港一千座座房屋都是用礁石堆码修建而成的石头屋。

在双屿港的大小头领带领下，在很短的时间内已经把港内的五十座佛郎机炮摆放在最便于攻击的发射位置，两千多名战斗人员全都荷枪实弹等待着明军来攻打。

再说明军方面，各种战船已经到达双屿港附近海域。由于朱纨并不了解双屿港的布防情况，对部队攻入双屿港后兵力如何展开没有把握，于是朱纨命令卢铛首先做试探性的进攻，以弄清倭寇的兵力部署和武器配置等情况。于是卢铛开始对双屿港各个部位进行了第一轮轰炸，果然，倭寇的五十座佛郎机炮一齐向明军战船开炮还击。卢铛还派一个小队试图从港口攻入，但是卢铛得到的报告是从港口根本不可能攻入港内。

卢铛向朱纨作了汇报。经过一番琢磨，朱纨给卢铛下达命令：暂缓进攻，将双屿港团团围住，以观其变。于是卢铛作出部署，大型福船与其他各类战船互相交替着排列，把双屿港西北部的六横岛和东南部的佛渡岛沿海域的北港水道与南港水道严密封锁起来，不让任何船只驶出双屿港。

天亮后，朱纨来到雄狮号大福船的顶层甲板上，他要对双屿港做近距离的观察。朱纨把千里镜贴近眼睛，双屿港内的情况清清楚楚出现在面前：整个的双屿港就是一座中等城市，鳞次栉比的房舍构成一个巨大的建筑群，其中包括教堂、医院、仁慈堂等西方建筑。朱纨凭着千里镜的远视功能，还可以清清楚楚地看到许多不同国家的人。由于朱纨曾经在京师度过一段时间，从肤色、穿着等方面可以辨别是那个国家的人。此时朱纨看到双屿港不但有中国人、日本人和葡萄牙人，还有马来西亚、占城、暹罗、婆罗洲等国的人。朱纨现在才知道，所谓的倭寇，不仅仅是日本的海盗，还包括中国的、葡萄牙的和许多南洋国家的人。怪不得一个双屿港能够聚集起如此强大的经济实力和军事实力。

朱纨想看看双屿港的军事设施，但是通过反复搜寻，仅仅只发现几处可疑点，在石壁上钻有小洞，朱纨估计那小洞很可能是用于发射的炮眼和枪眼。朱纨发现，在有利防守的几处都修筑有钻有小洞的墙壁，墙壁都是用石块砌成。看来这双屿港的军事设施还不错，要强攻双屿港，一定要付出沉重的代价，甚至还有攻不进去的可能。

于是朱纨开始考虑智取。朱纨冥思苦想，怎么样智取呢？朱纨等军事高层人物中没听说有谁跟双屿港的上层人物有什么关系，现在港口水闸紧紧关闭着，要派小分队混进双屿港几乎是不可能的。朱纨想啊想，但是就是想不出什么办法。

就在朱纨苦思冥想想不出妙计的时候，海面上忽然驶来一只船，很快，那只船被卢铛的“雄鹰”号大型福船截住，船上包括水手在内共十二个人被抓住。经审讯，这十二个人异口同声地一致承认他们都是双屿港的普通居民，在半个月前去了松门屿，今天才赶回来。卢铛立即带着这十二个人来面见朱纨，朱纨简单地询问了情况。对于这十二人到底是什么人，朱纨不怎么想知道，因为朱纨知道，这些长期在双屿港冒险的人不会有实话告诉你的，但是朱纨从这十二个人的行踪产生了一个想法。朱纨轻描淡写地询问了一些情况，要卢铛把十二个人放了。

卢铛将十二个人放回他们的船上，返回朱纨所在的船舱，问：“提督大人为什么把这些人放回去呢？难道不想从他们身上得到一些有用的东西吗？”