萧鸾登基的第二年，北魏孝文帝拓跋宏率领三十万军队亲自进攻南齐，沿淮河向东攻打钟离。

萧鸾先派左卫将军崔慧景、宁朔将军裴叔业领兵迎战，听到北魏军队分兵攻打义阳后，又派遣萧衍和平北将军王广之领兵救援。

王广之领兵进到离义阳百里之外时，听说北魏军队人强马壮，于是畏缩不前，萧衍则请求充当先锋，和北魏军队交战。王广之于是派部分军队归萧衍指挥，进兵义阳。

萧衍带领军队连夜抄小路赶到了距离北魏军只有几里地的贤首山，然后命令士兵将旗帜插满了山上山下。

等到天一亮，义阳城中的齐军看到后，以为重兵已经赶到给他们解围来了，于是士气大增，马上集合军队出城攻击北魏军，同时顺风放火。

这边的萧衍也趁机夹攻北魏军，萧衍亲自上阵，摇旗擂鼓助威，齐军士气高昂，个个奋勇杀敌。

北魏军在齐军前后夹击下，溃不成军，只好退却，齐军最终取得了这场战役的胜利。萧衍也因战功而升任太子中庶子。

建武四年秋，北魏军再次南下，接连攻下了新野、南阳，前锋直逼雍州，萧鸾赶忙派萧衍、左军司马张稷、度支尚书崔慧景领兵增援雍州。

建武五年三月，萧衍和崔慧景领兵与北魏军作战，在雍州西北的邓城被北魏的几万铁骑兵包围。

萧衍知道城中粮草和枪械缺乏，就对崔慧景说我们远道征战，本来就很疲惫，需要休整，如今又遇强敌围困，如果军中知道粮草缺乏的实情，肯定会发生兵变。

为防万一，我们还是趁敌人立足未稳，鼓舞士气杀出重围为上策，崔慧景虽然心中忧虑胆怯，但表面上却假装镇静。

北方军队都喜欢游动作战，他们不会夜里攻城的，不久自然会退兵的，没想到魏军越来越多，没有退却的迹象。

原来还表现得很镇静的崔慧景这时露出了胆怯的原形，没有和萧衍商议，就私自带着自己的部曲逃走了，其他各部见统帅溜了，也纷纷逃散。

萧衍无法控制局面，只好边战边退。过一道沟时，军队自相践踏，再加上北魏军在后边射箭攻击，齐军死伤惨重。最后，萧衍退到了樊城，才得以站稳脚跟。

这次战败后，萧鸾未责怪萧衍，而是让他主持雍州的防务，出任雍州刺史，从此萧衍就有了一块固定的根据地，这为他势力的发展奠定了基础，成为他日后争夺齐政权的资本。

建武五年七月，在位只有五年的萧鸾病逝，由其子萧宝卷即位，萧宝卷为人暴虐，即位后擅杀诸多大臣，使得朝野惊恐，人心离散。

在萧宝卷冤杀萧衍的兄长、尚书令萧懿后，萧衍召集部下商议废掉萧宝卷。

众人非常赞同，萧衍于是大力招兵，准备和萧宝卷决战，很快招募到甲士千人，马上千匹，战船三千艘。

适逢行荆州府事的宗室萧颖胄拥立南康王萧宝融举兵，萧衍于是与其联合，共同征伐东昏侯。