王恭当时已决心出兵讨伐王国宝，于是派使者向荆州刺史殷仲堪联络，当时殷仲堪已经因桓玄所劝起兵讨伐王国宝之事而迟疑。

王恭的使者到后坚决了殷仲堪的决心，答应与王恭一同讨伐王国宝，而王恭知道殷仲堪支持自己后十分高兴，于是在四月甲戌日表奏王国宝的罪行，起兵讨伐。

三日后，王恭上表到达建康，内外戒严，王国宝十分恐惧，听从王珣之计而上请解职并待罪，但不久则假称有诏命其官复原职。

另一方面，司马道子但求息事宁人，于是将罪责全推给王国宝，并命司马尚之收捕王国宝，在四月甲申日赐死王国宝并处死王绪，向王恭谢罪。王恭于是还镇京口。

王恭起兵时联结正在居母丧的王廞，王廞于是起兵响应，但王恭罢兵时就命王廞离职，继续服丧。

然而王廞当时已经乘着起兵诛除不少异己者，不能就此罢手，于是不听王恭命令，更出兵讨伐王恭。王恭见状，于是命司马刘牢之领兵击败王廞，王廞逃亡失纵。

事后王恭上表自贬，诏下不许，司马道子经历过王恭、殷仲堪举兵后，对二人十分忌惮，心腹司马尚之则建议司马道子树立腹心作外藩以作屏卫。

司马道子听后同意，于是在隆安二年命王愉为江州刺史，并割本属庾楷的豫州四郡让王愉都督。

此举触怒了庾楷，于是派儿子庾鸿劝说王恭讨伐司马尚之兄弟。王恭听从并联结桓玄与殷仲堪，而二人则推王恭为盟主，刻日同取建康。

当时殷仲堪写信给王恭，藏在箭干中并由庾楷代送。但送到时用来写信的斜绢变形，不能看出是谁人的字迹。

因为殷仲堪在上一年举兵时都没有实质派兵支持，王恭于是以为是庾楷假作殷仲堪书信，决心先行起兵。

刘牢之试图谏止，但王恭不听，又上表以讨伐王愉及司马尚之兄弟为名起兵，司马道子之子司马元显主战，司马道子于是以司马元显为征讨都督，率领诸军抵抗王恭。

可惜王恭自恃才能和家族地位，又成功逼司马道子杀王国宝，于是趾高气扬，虽然侍仗刘牢之但却待他如同部曲将般，令刘牢之十分愤恨。

司马元显看穿这点，命庐江太守高素策反刘牢之，并许以事成后以王恭位号授予刘牢之。

此时王恭参军何澹之将此情报告诉王恭，但王恭以何、刘二人有仇隙而没有相信，但却设酒宴款待刘牢之，当众拜其为兄，并将手下精兵都交给刘牢之，以其为前锋。

但当刘牢之到竹里后，刘牢之杀死帐下督颜延并投降朝廷，并命儿子刘敬宣和东莞太守高雅之进攻王恭，这时候王恭正在出城打算阅兵，就被刘敬宣截击，部众溃败。

王恭打算返回城内时又发现城门已被高雅之关上，唯有骑马逃奔曲阿，但又因不习惯骑马而令大腿内侧长了疮，碰巧遇着故吏殷确，以船打算送王恭到桓玄那里，到长塘湖时，因被人告发而被捕。

王恭被押送建康后，在同年九月十七日于倪塘被处斩，王恭临受刑时，还吟诵佛经，自己理顺胡须鬓发，毫无惧色。