蓟辽地区是明朝的边防重镇，直接关系到明朝的国防安全。洪承畴到任后，积极整军备战，加强边防建设。他视察了各个关隘和防线，了解了明军的部署和装备情况，针对存在的问题，采取了一系列措施加以改进。他加强了对士兵的训练，提高了他们的战斗技能和军事素质；同时，他还积极筹措军饷，改善了士兵的待遇，增强了军队的凝聚力和战斗力。此外，他还与山海关马科、宁远吴三桂两镇合兵，共同抵御清军的进攻。
公元1640年，明崇祯十三年。皇太极确定了在义州修筑城池，并在当地开展屯田，以此来围困锦州的策略，并且在三月的时候将这一策略付诸行动。到了四月，崇祯皇帝听闻此事后，下令让洪承畴陈述应对之策。洪承畴认为敌军在锦州和义州之间屯田，这是打算打持久战，所以如今谋划辽东事务，不只是单纯地说防守，必须是防守与作战兼顾，这样之后才能实现有效的防守；而作战也不是盲目地打仗，一定要以正规的作战方式为主，同时辅以奇兵突袭，这样之后才能确保作战的成效。并且计划安排吴三桂、刘肇基率领一万官兵分别驻扎在松山和杏山之内，让他自己统领的一万五千四百官兵出军镇守在前屯卫和中后所之间，让驻防蓟州的一万六千官兵仍然分布在中协四路、东协建昌、冷口以及两协的城墙沿线区域。让山海、永平的巡抚朱国栋驻扎在山海关，让总兵马科出兵到中后所和前屯卫。兵部对这个策略极为赞赏，将洪承畴比作韩琦和范仲淹。经过稍微调整后，崇祯皇帝批准了这个策略。五月，洪承畴出兵山海关，与围困锦州的清军形成对峙局面，在多次出击交战中，双方各有胜负。
公元1641年，明崇祯十四年。驻扎宁远的洪承畴前往前线松山一带巡视，发现兵力单薄，不足防御，便奏请调宣府总兵杨国柱、大同总兵王朴、山海关总兵马科、密云总兵唐通各率所部来援，加上其麾下本来就有的宁远总兵吴三桂、辽东总兵王廷臣、东协总兵曹变蛟、援剿总兵白广恩，共计八总兵。
三月下旬，锦州外城陷落，形势岌岌可危。
四月下旬，洪承畴挥军进至松山与杏山之间，再移军至松山城附近的石门，与围城的清兵遭遇。双方展开激战，洪承畴击退清军。此后几个月，明军也屡次出击，取得小胜。
洪承畴主张徐徐逼近锦州，步步立营，且战且守，勿轻浪战。但兵部尚书陈新甲促战，他认为洪承畴的计划过于保守，会耗费大量的时间和钱粮，主张速战速决。崇祯帝在陈新甲的影响下，也急于解锦州之围，于是下令洪承畴迅速进军。洪承畴无奈之下，只得遵从圣旨，放弃了自己的战略计划，率领大军仓促前进。
七月，洪承畴在宁远城誓师，率大军疾行一百二十里，来到锦州城南的乳峰山驻扎。乳峰山在锦州和松山之间，形成呼应之势。围困锦州的清军见明军增援部队到来，立刻发动攻击。明军将士们在洪承畴的指挥下，奋勇抵抗，尤其是吴三桂部作战最为勇猛，差点将清军打得全线崩溃，明军士气大振。
皇太极得知明军增援后，亲自率领大军赶来。他登高远望，一眼就看出了明军的薄弱环节，当即下达了一道命令：挖沟。清军从锦州西边开始挖壕堑，穿过松山和杏山之间，一直挖到海边，一共挖了三道。这些壕堑上阔下窄，开口三四米，底部放不下一只脚，堑深三米多，人掉进去上不来，马又不能越过。清军在毫无干扰的情况下，用一天时间挖成了这三条五十里长的壕堑，切断了明军的粮草补给线。洪承畴发现大事不妙后，指挥部队试图冲过壕堑，打通运输粮道，但皇太极早有防备，明军闯关计划失利。
紧接着，清军将领阿济格奉命悄悄地潜入塔山，趁海水落潮时机，劫掠走了明军在笔架山的十二座粮库。明军仅剩下三天的粮食，瞬间陷入了恐慌之中，怯战、逃跑的思想和言论喧嚣尘上，全军弥漫着必败的悲观主义色彩。
在这种情况下，洪承畴被迫做出了决战的决定。他认为此时明军虽然面临困境，但仍有十三万人马，在人数上占有优势，装备也不差，如果让锦州城内的祖大寿军冲出来夹击清军，未必没有胜算。然而，监军张若麒却成为了逃跑论的领导者，手握生杀大权的他，几乎架空了洪承畴，军中人只知有张，不知有洪。各怀鬼胎的八总兵根本不跟洪承畴一条心，很多人一心想逃离战场。大同总兵王朴动作最迅速，他不等战斗打响，前一天夜里就撒丫子跑了。他这一跑如同推倒了多米诺骨牌，各大总兵被迫提前行动，四处逃窜。明军顿时陷入了混乱，清军趁机发动攻击，明军全线溃败。
洪承畴率领残部退守松山，被清军围困。在松山被围的半年时间里，洪承畴率领明军将士们顽强抵抗，多次击退清军的进攻。但由于城内粮草断绝，外援无望，最终松山还是被清军攻破，洪承畴被俘。
洪承畴被俘后，被押解到了盛京，开始了他人生中最为艰难的抉择。
起初，洪承畴宁死不屈，决心以死明志，为明朝尽忠。他在狱中绝食多日，对前来劝降的人破口大骂，表现出了坚定的气节。然而，皇太极深知洪承畴的才能和价值，他对洪承畴极为重视，一心想要将其招降，为清朝所用。皇太极先是派范文程前去劝降，范文程是皇太极的重要谋士，他深知洪承畴的性格和心理。范文程来到狱中，并没有直接提及劝降之事，而是与洪承畴谈古论今，从历史典故到人生哲理，无所不谈。在交谈过程中，范文程敏锐地观察到，房梁上掉下的灰尘落在洪承畴的衣服上，洪承畴下意识地轻轻掸去。这个细微的动作让范文程看到了希望，他回去后向皇太极报告说：“洪承畴必定不会求死，他连衣服都如此爱惜，更何况自己的性命呢？” 皇太极听后，心中大喜，更加坚定了招降洪承畴的决心。
随后，皇太极亲自前往狱中探望洪承畴。他看到洪承畴衣服单薄，便立刻脱下自己身上的貂裘，披在洪承畴的身上，关切地问道：“先生是否感到寒冷？” 这一举动让洪承畴深受感动，他望着皇太极，心中的防线开始动摇。皇太极的真诚和礼遇，与崇祯帝的猜忌和刚愎自用形成了鲜明的对比。在明朝，洪承畴虽然为朝廷立下了赫赫战功，但却始终得不到崇祯帝的充分信任和支持，他的许多战略建议都被忽视，最终导致了松锦之战的失败。而皇太极却对他如此重视，让他感受到了被尊重和被需要的温暖。
经过一番激烈的思想斗争，洪承畴最终决定投降清朝。但洪承畴降清后，皇太极表面上对他恩礼有加，实际上并未放松对他的防范，使其在家，不得随意出入。终皇太极一朝，除咨询外，洪承畴没有担任任何官职。
公元1644年，清顺治元年。李自成率领大顺军攻破北京，崇祯皇帝自缢身亡，明朝灭亡。此时，清军在多尔衮的率领下，正准备南下入关。洪承畴向多尔衮献策，建议清军改变以往掠夺财物、人口和屠城的恶习，打着 “为尔等复君父仇” 的旗号，以正义之师的形象出现在中原百姓面前。他还提出了具体的行军战略，建议清军 “计道里，限时日，辎重在后，精兵在前，出其不意，出蓟州、密云近京处，疾行而前。贼走则即行追剿” 。多尔衮采纳了洪承畴的建议，清军这次进军十分顺利，一路上几乎兵不血刃，迅速占领了北京。
占领北京后，清朝廷面临着如何治理天下的问题。洪承畴对此提出了许多重要的举措，他建议清廷采纳明朝的典章制度，如恢复明代的内阁票拟制度，以便大学士对用人行政等要务能有所指陈，六科也可以据以摘参，从而达到杜渐防微的目的；他还建议九卿科道会推督抚提镇官员实行保举连坐法，慎重用人行政 。此外，他还倡导满人学习中原文化，建议满洲统治集团 “习汉文，晓汉语”，了解汉人礼俗，淡化满汉之间的差异，为满汉的合流打下了基础。洪承畴的这些建议，大多被清廷信纳，并加以推行，对于迅速巩固清朝的统治起到了重要作用。
公元1645年，清顺治二年。多铎率师接连攻占扬州、南京，改南京为江宁。此时，满清认为天下已经尽入其手，摄政王多尔衮下达了 “剃头令”，这在江南引发了广泛的激烈反抗。多尔衮再次派出洪承畴，命他取代多铎为招抚南方总督军务大学士，命其便宜行事。洪承畴深知不能用纯粹的暴戾手段强行压制江南民众的抗清浪潮，他对斗争意志坚决的民众和可以拉拢利用的士绅阶层加以区别对待，采取剿抚并用、分化瓦解的策略。
他首先着力约束清军遇到抵抗后报复性屠戮平民的野蛮行径，明确 “以抚为主，剿抚并用” 的策略，对民众特别是汉族精英阶层收心为先，对官吏以安为上，最大限度地减少汉族士绅精英阶层的抵抗。但对顽抗的反清分子则予以大力血腥镇压，在他的胡萝卜加大棒政策下，江南地区的反清浪潮渐渐平息。
在招抚江南的过程中，洪承畴采取了一系列措施来稳定社会秩序。他招抚、举荐了大批明朝降官，充实了清朝的官僚队伍，这些降官熟悉当地情况，能够更好地协助清朝进行统治。他还请求清政府蠲免钱粮、停征漕运税等，减轻了百姓的负担，缓和了满汉之间的民族矛盾和阶级矛盾，促进了社会的安定。他以 “原官、司留任，不念旧故” 为条件，用和平方式招抚宁国、徽州、九江、南昌、袁州、南康、吉安、广信等十三府，使这些地方免遭兵火洗劫。
公元1653年，清顺治十年。洪承畴奉命经略湖南、广东、广西、云南、贵州五省，授赐 “经略大学士” 印，后又主持进攻南明永历政权。在经略五省期间，洪承畴继续推行他的 “以抚为主，剿抚并用” 策略，积极招抚南明的官员和将领，分化瓦解南明的抵抗力量。同时，他也加强了对军队的管理和训练，提高了清军的战斗力。在他的努力下，清军逐渐控制了五省的局势，为清朝统一全国奠定了坚实的基础。
公元1658年，清顺治十五年。洪承畴被任命为武英殿大学士，次年以眼睛疾病请求解任回京。在他离开南方之际，当地的局势已经基本稳定，清朝的统治得到了有效的巩固。
公元1661年，清顺治十八年。顺治帝驾崩，子玄烨（康熙）嗣位。这时洪承畴已经69岁，仍任大学士，却感孤独，于是疏乞休致。朝廷几经争论，议政王大臣会议才授以三等阿达哈哈番（轻车都尉）世职，世袭四世。
公元1665年，清康熙四年。洪承畴卒于京师私邸，享年七十三岁，清朝廷恩赐祭奠如制，谥文襄。
洪承畴的一生充满了传奇色彩，他的身后之名也因此褒贬不一，成为了历史学界和民间争议的焦点。他的一生跨越了明清两个朝代，在明朝时，他是备受重用的朝廷重臣，为维护明朝的统治立下了赫赫战功。松锦之战被俘后，他投降了清朝。在清朝，洪承畴最初被视为功臣，皇太极对他极为重视，为他提供了优厚的待遇。多尔衮、顺治帝等清朝统治者也对他委以重任，让他在政治、军事等领域发挥重要作用，为清朝的稳定和发展做出了不可磨灭的贡献。然而，随着时间的推移，清朝的统治逐渐稳固，统治者开始更加注重维护纲常名教和清朝的正统性。在这种背景下，洪承畴的投降行为被视为不忠不义，他被列入了《贰臣传》。
公元1776年，清乾隆四十一年。乾隆皇帝正式提出编纂《贰臣传》，对在明清战争中投靠清政府的明朝官员进行了正式的定性。乾隆认为，像洪承畴这种人虽然降清有功，但是这种行为是不值得表彰的，反而要进行贬低。他指出，这些人 “遭际时艰，不能为其主临危授命”，实在是大节有亏。虽然他们为清朝作出了贡献，其子孙甚至还在清朝做官，但以 “忠君” 的标准衡量，他们是不完美的。乾隆将洪承畴等人列入《贰臣传》，旨在通过这种方式强化清朝正统性和自己的统治地位，提醒清朝的官员们要时刻保持忠诚，不得有丝毫的背叛之心。
在民间，洪承畴也一直是一个备受争议的人物。在明朝遗民和许多汉族百姓的心中，洪承畴是一个不折不扣的 “汉奸”，他的投降行为被视为背叛国家和民族的可耻行径。他的名字成为了耻辱的象征，遭到了人们的唾弃和谴责。许多文人墨客在诗词文章中对他进行了批判和讽刺，表达了对他的不满和厌恶之情。例如，明朝遗民张煌言在《建夷宫词》中写道：“上寿称为合卺尊，慈宁宫里烂盈门。春官昨进新仪注，大礼恭逢太后婚。” 这首诗通过对洪承畴投降清朝的讽刺，表达了对他的背叛行为的愤怒和谴责 。
然而，也有一些人对洪承畴持有不同的看法。他们认为，洪承畴的投降是出于对时局的判断和对个人前途的考虑，是为了顺应历史潮流，避免更多的生灵涂炭。在当时的历史背景下，明朝已经腐朽不堪，灭亡只是时间问题，而清朝则崛起于东北，朝气蓬勃，展现出了强大的实力和潜力。洪承畴投降清朝，为清朝的统一和稳定做出了一定的贡献，他的功绩应该得到肯定。此外，他们还认为，洪承畴在清朝推行的一系列政策，如采用明朝的典章制度、倡导满人学习中原文化等，促进了满汉文化的融合和交流，对中国历史的发展产生了积极的影响 。
在现代，随着历史研究的深入和人们观念的变化，对洪承畴的评价也更加多元化和客观，不再是简单地用 “忠臣” 或 “叛徒” 来定义，他的一生是在时代的洪流中挣扎与抉择的过程，其行为既受到个人利益的驱使，也受到历史大势的影响。既要肯定他在促进国家统一和民族融合方面的积极作用，也要认识到他投降行为所带来的负面影响。