朱由校心想，此事已经过去了二百多年，若再不给方家平反昭雪，还天下人一个公道，那可真是要冤沉海底，永无出头之日了。刚才皇后所读之业有三报，正好可用于解决眼下这一难题。张嫣不愧为贤德皇后，当时就明白了皇上的用意，当即补充道：“方家之惨已成历史，要解决过去的历史事件就不能用现在的法律典章。这件事已经过去了两百多年，谁是谁非已不重要，所做出的结论都是给人看的。在天下人眼里，方孝儒虽有错在先，但被诛十族的确是冤，只有从此入手，在精神上给人以抚慰，才找到解决问题的方法。”天启帝听了皇后的一番陈述，夸奖道：“还是皇后睿智，深解朕意。”对，关键要的就是给活人安慰，这事首先要造出舆论，把问题引向因果轮回报应上，这样既能回避了尖锐的矛盾又能解决棘手问题。
思路有了，他也不管时间早晚，当即让人找来翰林院学士王铎，口授大意，让其回去从速编成。王铎是河南孟津人，幼时家境十分贫寒，过着“不能一日两粥”的生活。天启二年开科，三甲进士，受到考官袁可立的赏识推荐，改庶吉士，入翰林院。如今皇上将这么重要的事情交给他，王铎不敢有丝毫怠慢，领旨而回。可当他提笔措词时，才发现这真不好下笔，越想越难，苦思了半夜，也理不出个头绪来。他睡意全无，一个人走出家门，在街上漫无目标的走着。也是无巧不成书，冥冥中好似有神指引一般，他晕头晕脑的来到一院中，这却是张铁嘴的家。夜半更深，张铁嘴正在盘腿打坐，静思冥想，却见院外进来一人，癫头癫脑，如醉如痴。张铁嘴似有所感，却待要言，却不想来人惊醒了院中的鹦鹉。鹦鹉说道：“深夜造访，所求何事。”王铎一听声音，抬头四处张望却不见人，以为遇见仙人，当即跪拜于地：“弟子愚钝，心有疑惑却不得解，求仙人指点迷津。”张铁嘴心里明白，随即高声诵道：“前世所欠，今日偿还；苦海无边，回头是岸。”王铎听到猛然醒悟，左右观看，漆黑一片，当即对空叩拜说：“多谢仙人教诲。”起身跑步回去，连夜构思，如有神灵相助，不多时即将故事编成，内容如下：
方孝孺未出生前，他父亲方克勤在老家找风水先生选一块坟地，前有清溪穿流，后有山峰屏障，这正是堪舆术中所讲的枕山面水，即：“前有照，后有靠”的风水宝地。方克勤准备将祖先骨骸葬于此。于是备下酒席酬谢了风水先生后，又封了五两白银作为礼金。
送走了风水先生，方克勤晚饭喝了点酒，夜里做了一个梦。梦中见到一位须发皆白身穿红衣的老人，上前向他跪拜。老人流泪哀求：“先生所选的风水之地，乃是我族世代所居，已经有几百年。我恳求您宽限三天时间，我们这就从速搬家；待我子孙搬到别的地方后，您再破土动工，我定将报答您的大恩大德。”如此恭恭敬敬反复说了数次，千叮咛万嘱咐，一定要三天后再破土，然后礼拜而去。方克勤一梦醒来，却是子时，心中不免生疑，顿觉茫然。他思前想后却再也睡不着，待天明后将此事说与家人听，家人多不信。自己再想想，可也是，世间哪有这事，以梦为实，荒诞不经，况且风水先生已经说了，明天就是吉日，动土为佳，若让我等三天，那不是错过吉日了。
吃过早饭，方克勤就令役人开挖动土，及至中午时分掘至地下，却发现有一穴，穴中有红蛇数百条，纷纷急走，正在搬家。也是合该有事，若此时收手却还来得及，可他竟令人用火把红蛇全部烧死，计八百七十三条；其场面惨烈，不忍目视。当天晚上方克勤又梦见那位红衣老人，这时却是满脸怨恨，痛苦万分的向他宣泄：“我曾再三苦苦哀求你，可你却置若罔闻，竟下此毒手把我子孙八百多条生命全部活活烧死。你既然灭掉我族，我定要向你复仇，灭你全族。”方克勤一下子被惊吓醒，一身冷汗，再也睡不着，披衣坐到天亮。
三天后，坟墓做好；旬日，方克勤妻临产，生下一子，起名孝孺。
方孝孺渐渐长大，方克勤也慢慢的忘却了这件事，然而欠下的账总是要还的。洪武九年，发生了震动朝野的“空印案”，为明初四大案之首，方克勤被牵扯进去砍了头，终没得善终。方克勤虽死可帐却没销，方孝孺长大后，做到了翰林学士。
洪武十五年，经东阁大学士吴沉等人推荐，二十六岁的方孝孺来到南京，受到皇上召见，并深得太祖信任。等朱允炆继承皇位后，召方孝孺由汉中府教授为翰林院侍讲，次年，又升任为侍讲学士，成了建文帝近臣。
建文元年，建文帝皇权还没有得到巩固就开始削藩。燕王以“清君侧”为名誓师“靖难”，率军南下进攻京师。在靖难之变中，方孝孺与燕王是敌对双方，建文帝讨伐燕王的诏檄大多出自方孝孺之手。燕王出兵时，他最倚赖的谋士姚广孝曾对他说：“南有方孝孺者，素有学行，城破之日，必不降附，幸勿杀之。杀孝孺，则天下读书种子绝矣！”燕王颔首答应。南京城破后，方孝孺果然不肯归附；因姚广孝事先嘱托所以没有被杀，而是将其下狱。燕王也有意借方孝孺威望收揽人心，希望由他撰写皇帝即位的诏书，可方孝孺却坚决不从。燕王叫左右拿笔墨来，坚决地说：“诏告天下，非先生来写不可！”孝孺接过笔，写上“燕贼篡位”几个字后，随即掷笔于地。燕王勃然变色，提出警告：“你难道不怕灭九族？”方孝孺却来了犟劲：“灭十族又如何？”你看，这不是明目张胆的叫号吗，你觉得你硬气，可你也太低估了燕王的脾气。“好！”燕王厉声说道：“我就满足你愿望，灭你十族。”
自古以来，皇帝杀人，最狠到“株连九族”。所谓“九族”，一般指的是“父族四、母族三、妻族二”。其中“父族四”指：父母、兄弟、姊妹、儿子；出嫁的姑母及其儿子；出嫁的姐妹及外甥；出嫁的女儿及外孙。“母族三”指：外祖父一家；外祖母的娘家；姨母及其儿子。“妻族二”指：岳父的一家；岳母的娘家。方孝孺却自己又增加一族，即在宗亲九族之外加上门生故旧。
在燕王登上皇帝宝座的第八天，在南京的聚宝门，当着方孝孺的面，永乐帝将方家“十族”一个一个地砍头，并每杀一人，就问一声方孝孺，是否回心转意。方孝孺看到他的家人、亲属、朋友、门生、故旧，上至白发苍苍老人，下至垂髫的孩童，哺乳的婴儿，一个个鲜活的生命被砍杀时，这个铁石心肠的人竟不为所动。直到他亲弟弟方孝友要被砍头时，他才有所心动；然而，这一切也许就是命运所安排。他这个弟弟却丝毫没有责怪他，反而劝慰兄长，面对着满地流淌的鲜血和滚动的人头，竟然还呤诗一首来表明心迹，并让其兄能够继续坚强的观看砍头表演：
阿兄何必泪潸潸，取义成仁在此间。
华表柱头千载后，旅魂依旧到家山。
果然，这首诗更加坚定了方孝孺的铁心，成祖诛方孝孺十族计达八百七十三人，行刑七日方止。后人叹道：“嗟乎！暴秦之法，罪止三族；强汉之律，不过五宗……，世谓天道好还，而人命至重，遂可灭绝至此乎！”
人们都在奇怪，方孝孺为什么不朝服冠冕出现于金銮宝殿上，义正词严的宣布自己的主张，然后再触阶或触柱自杀而亡，这也算是死得其所；既保持了名节，也免家庭亲人受到牵连。
世人多不知，这一切都是冥冥之中早就定好的，所谓欠下的，总是要还的。所以他才敢登殿披麻戴孝，大书“燕贼篡位”，然后掷笔于地。当勃然大怒的燕王用“灭九族”进行威胁时，方孝孺竟说：“灭十族又如何？”
方孝孺这是拿他人之命来换自已的清高虚名，还慷慨陈词。自己要死很容易，又何必非要搭上这八百七十三条无辜的生命呢？真是无限抬升自己名节的偏执狂。看到一颗颗惨叫的头颅在地下滚动，一具具鲜血淋漓的尸体在身边堆积时，方孝孺居然无动于衷，面不改色心不跳，这一切哪是正常人所为。