理清楚了源头后，朱由检问群臣道：
“祝枝山《野记》不可信，李贤的《天顺日录》可信吗？”
群臣哑口无言，没有人为李贤说话。
尤其是《天顺日录》对景泰皇帝多有诋毁之处，被正直的大臣很看不起。
之前评选紫阁功臣时，李贤就被皇帝和群臣认定道德败坏。如今景泰皇帝都被当今皇帝上庙号了，自然更没有人为他辩解。
朱由检见群臣如此表现，当即就下令道：
“《天顺日录》同样应该禁毁，引用它的图书，也要全部查禁。”
“李贤在永乐六年出生，他对方孝孺的记载，已多有讹传之处。”
“更晚出生的人，又有多少可信呢？”
“刘先生编撰方孝孺传，一定要注明史料来源，不要把以讹传讹的内容加进去。”
这个命令下达后，群臣一时哗然，知道若是按这个命令执行，有关方孝孺的图书，基本要全部覆没。
这让他们觉得难以接受，很多人纷纷进言，认为不应当因为这一点，就查禁所有图书。
朱由检见到这个情况，怒气勃发地道：
“不查禁这些书籍，难道要让诽谤的文字流传天下吗？”
“建文之事，本来早有定论。”
“但是自《天顺日录》流传以来，却出现了异议。”
“尤其是诛十族之事，被祝枝山《野记》编造出来后，竟然堂而皇之地出现在《皇明通纪》等私修史书上，让一些不学无术的文人，对此信以为真。”
“这样的书籍不查禁，难道要让它继续误导世人吗？”
“成祖在世间的形象，就是被这些人败坏！”
忿怒地骂了诋毁成祖的人一通，朱由检又拿着《野记》骂道：
“还有这个编造诛十族的祝枝山，难道就不通礼法吗？”
“他只知道十比九大，却不知道相比诛九族，更严重的是诛三族。”
“刘先生你来说说，九族和三族都有哪些。”
刘宗周一向推崇方孝孺，此时见方孝孺被诛十族、甚至夷族都被皇帝否认，精神也受到了冲击。
不过面对皇帝的问题，他还是收拾心情答道：
“九族者，上至高祖，下及玄孙，皆是同姓之人。《大明会典》有本宗九族五服正服之图。”
“三族者，父族、母族、妻族。秦汉之法酷烈，有夷三族之令。”
“国初尚书夏恕尝引汉法，请著律，反者夷三族。”
“太祖以为此法太重，故而没有实施。”
“《大明律》所定谋反大逆律，株连祖父、父、子、孙、兄弟五族及伯叔父兄弟之子，年十六以上者。”
“故而本朝实无被夷九族者，被夷三族者唯有卓敬。”
卓敬也是建文臣子，朱由检听到这个名字，怒气渐渐缓了下来，询问道：
“卓敬被夷的三族，是父族、母族、妻族，还是父、子、孙三族？”
“为何世间流传的，是方家被杀者最多？”
这个并没有人深究，因为卓敬的名气，远远不如方孝孺。
再说卓敬在万历年间就被表墓建祠，已经实际平反了。自然更没人提他，为他叫什么屈。
见到群臣无人回答，朱由检道：
“有关卓敬被夷三族之事一定要查清楚，不要胡乱讹传。”
“昔年成祖也曾说：国家养士三十年，惟得一卓敬。”
“他是一个有才能的忠臣，成祖对杀他很后悔。”
又因为卓敬已经被表墓建祠，朱由检下令道：
“卓敬是忠臣，应该建祠表彰，礼部要追赠谥号，给于应有待遇。”
“大明无夷三族之律，若是他有后人存在，朕当封爵补偿。”
这个态度，让为建文君臣翻案的臣子，心情陡然一松。
因为皇帝这个态度，明显还是要为建文君臣翻案的，只是对一些讹传的事情不认可。
礼部尚书温体仁这时也明白了皇帝的想法，主动出言说道：
“方孝孺同样是忠臣，但是被诛十族之事，却是子虚乌有。”
“臣以为当正本清源之后，再为方孝孺追谥。”
朱由检点头认可，他知道自己必须妥协。
方孝孺在民间的影响力很大，包括刘宗周等人，都称赞他的节义。
如果不追赠他，建文君臣的事就会没完没了，永远不会停歇。
所以他才决定正本清源，把事情明明白白地说出来。
就算是承认成祖杀戮太过，也好过任由诛十族流传。
必须让官方正史占据主流，避免野史流传，变得越来越野。
怀着这个想法，朱由检道：
“方孝孺的事情，要明明白白理清。”
“待到查清楚后，彻底做出结论。”
“成祖当时的株连，或有滥用刑罚之处。”
“方孝孺的后人如能确认谱系，朕当封爵补偿。”
“他和卓敬一样，都是建文君的忠臣。”
这个态度，让刚才凝重的氛围，更加轻松起来。
刘宗周请求道：
“诛十族的事情，虽然子虚乌有。”
“但是相关图书，却不能一概查禁。”
“臣以为可由朝廷修订，用新出版的图书，代替有错误的旧版。”
朱由检点头认可，知道查禁所有涉及方孝孺的图书，阻力会大到根本无法实行。
所以他下令道：
“有关方孝孺等建文君臣的图书和文章，以后要以官方正史为准。”
“凡是与此抵牾者，应当尽皆修订，否则不准流传。”
“有擅自编造事迹流传者，追夺出身以来文字，审订所有图书，本人流放海外。”
“例如李贤、祝枝山这两个编造事迹的始作俑者，都要追夺出身和封赠，所著图书都要修改后才能流传。”
这个惩罚，相比之前的完全查禁松了一些，却仍让很多人心惊。
尤其是对李贤和祝枝山的惩罚，在大明前所未有，让一些文人皱眉，本能地就要劝谏。
不过朱由检却不给他们说话的机会，盯着资政大臣朱国祯道：
“《三朝要典》之中，崔呈秀曾说‘大狱未遂，《涌幢小品》先刊，此东林所由起于诡遇，盛于标榜’。”
“如今《三朝要典》正在重新编撰，《涌幢小品》有什么说法呢？”
“朱卿你来说说！”