太元十五年，出任前将军、青兖二州刺史，起兵讨伐王国宝和司马元显，对抗宗室司马道子的势力，隆安二年，终因刘牢之叛变，兵败处死。

王恭年轻时就有美誉，有过人情操，且自负才能和家族地位，常有担当宰相、辅臣的愿望，在当时与同族的王忱齐名，并仰慕刘惔。

王恭初任佐著作郎，但他及后因为官小而不能彰显其才能和志向而称病辞官，后又任秘书丞，将要转任中书郎时父亲王蕴去世而无法受命。

服丧后，先后任吏部郎、建威将军、丹阳尹、中书令，领太子詹事，因王恭是晋孝武帝皇后之兄，故此很受孝武帝器重。

当时袁悦之能言善辩，受会稽王司马道子所亲待，又常劝司马道子专掌朝权，王恭将这事情报告孝武帝，袁悦之不久就因他事而被诛杀了。

一次司马道子召集朝士开酒宴，尚书令谢石因酒醉而唱起民间歌曲，被王恭严正指责。

又一次因司马道子喜爱淮陵内史虞珧儿媳妇裴氏，下令她与众宾客谈论，然而因为裴氏服食丹药，身穿黄衣，样子如天师道道士一样，所以当时人以与她谈论为降节之举。

王恭亦因而抗议道未听闻过宰相座上会有失行妇人，言罢，坐上众人皆显得不安，司马道子亦很惭愧。

晋孝武帝当时十分信任王恭以及王珣、殷仲堪、郗恢等人，但当时王国宝附和并讨好司马道子，却与王珣等人不和。

孝武帝于是担心日后二者的仇隙会产生事端，就让王恭、郗恢等人出外作外藩，以州府武力作外援，屏卫王珣等人。

太元十五年王恭担任都督兖、青、冀、幽、并、徐及扬州之晋陵诸军事、前将军、兖青二州刺史，假节，镇守京口。

太元二十一年孝武帝去世，晋安帝继位，司马道子执掌朝政，当时司马道子宠王国宝，机要朝权都交给王国宝，故此引起王恭大大不满，常直言指斥，而司马道子亦深深忌惮和怨恨王恭。

王恭不久就入拜山陵，曾感叹栋梁都还是新的，可已见亡国的征兆了，暗指王国宝乱政将败坏东晋。

虽然当时司马道子有意令朝内与外藩和平共处，于是将心腹都送到王恭那边，希望冰释前嫌。

王恭每次谈论到时政时都声色严厉，令司马道子深知与王恭之间的矛盾是不能化解，于是打算因故召王恭入朝，以伏兵将他杀掉。

而在当时，王恭其实亦打算领兵入朝诛杀王国宝，只因害怕与王国宝一党的豫州刺史庾楷以及王珣的劝阻而没有实行。

王恭将回京口时，辞色严厉的向司马道子说天子居丧期间，执政宰相的重任，即使是伊尹、周公那样的贤人也感到难以胜任，愿大王亲理万机，采纳忠言，远离邪声，放逐奸佞小人。

矛头直指王国宝，亦令王国宝十分畏惧，隆安元年王国宝出于畏惧，于是劝司马道子裁减王恭兵力。

王恭则准备士兵及军需品，上表北伐，司马道子感到怀疑，于是以盛出兵妨碍农事为由命其解严。