正如刘基所料，陈友谅得知朱元璋出兵安丰后，认为这是一个复仇的好机会，于是他率领六十万大军，乘楼船，浩浩荡荡地杀向洪都（今江西南昌）。洪都守将是朱元璋的侄子朱文正，他深知洪都的重要性，一旦洪都失守，应天就将门户大开，后果不堪设想。于是，他带领城中仅有的四万守军，顽强抵抗陈友谅的进攻。
陈友谅的楼船高大雄伟，船高数丈，上下三层，每层设有走马棚，楼船可载两三千人，而朱文正的守军则只有一些小船，在装备上处于绝对劣势。陈友谅亲自督战，向洪都发起猛烈的进攻。他的士兵们用各种攻城器械，如投石机、云梯等，试图攻破洪都的城墙。而朱文正则带领守军们一边用弓箭、火器等还击，一边抢修被破坏的城墙。双方你来我往，战斗异常激烈，洪都的城墙多次被攻破，但又被朱文正的守军们顽强地夺回。就这样，洪都之战持续了八十五天，陈友谅始终未能攻克洪都。在这八十五天里，朱文正的守军们付出了巨大的牺牲，但他们始终坚守着洪都，为朱元璋回师救援赢得了宝贵的时间。
朱元璋在营救韩林儿后，得知洪都被围，立即率领二十万大军回救洪都。陈友谅见朱元璋前来救援，便撤围洪都，移军进入鄱阳湖水域，准备与朱元璋在鄱阳湖进行一场决战。
鄱阳湖之战是中国历史上规模最大的水战之一，也是决定朱元璋命运的一场关键战役。双方兵力悬殊，陈友谅拥兵六十万，而朱元璋只有二十万。陈友谅的战船高大坚固，装备精良，而朱元璋的战船则相对较小，装备也不如陈友谅。在这种情况下，朱元璋的部将们都感到十分担忧，他们对这场战役的胜负充满了疑虑。
朱元璋深知此次战役的艰难，但他决心与陈友谅决一死战。他召集部将们开会，商讨作战策略。郭兴观察到陈友谅的巨舰行动笨拙，难以灵活应对，因此提出了火攻的策略。朱元璋采纳了这一建议，命令士兵们准备好火药、芦苇等易燃物，将其装入小船中，等待时机发动火攻。
而刘基充分考虑了鄱阳湖地区的地理环境、天气变化以及双方军队的态势等因素，帮助朱元璋选择了对己方有利的决战时机和地点。
同年八月，两军在鄱阳湖大战。朱元璋率先向陈友谅发起进攻。他一边命令常遇春等人集中火力，攻击陈友谅的指挥船，一边指挥驾驶装满火药的小船，乘风点火，快速直冲陈友谅大船阵营。一时间，风急火烈，陈友谅的大船被大火点燃，熊熊火焰迅速蔓延，整个鄱阳湖被照得通红。随后，刘基建议朱元璋移军湖口，堵住陈友谅的退路。
陈友谅的士兵被大火吓得惊慌失措，纷纷跳入水中逃生，被烧死、溺死者不计其数。陈友谅见大势已去，他率领残兵败将向鄱阳湖口突围。然而，湖口早已被朱元璋重兵堵住，重重包围。陈友谅不惜冒死突围，结果在突围过程中，被流矢射中，当场身亡。陈友谅一死，他的军队顿时群龙无首，纷纷投降。鄱阳湖之战以朱元璋的胜利告终。
鄱阳湖之战的胜利，为朱元璋统一江南奠定了坚实的基础。此役过后，朱元璋顺势消灭了陈友谅的残余势力，兼并了其所有土地，并自立为王。在这场战役中，刘基发挥了至关重要的作用，他的谋略和智慧为朱元璋的胜利做出了巨大贡献。
鄱阳湖之战后，朱元璋的势力得到了极大的扩张，他占据了江西、湖广等地，成为了南方最强大的势力。而此时，张士诚占据着浙西地区，虽然他的势力比不上朱元璋，但也不容小觑。但刘基认为，张士诚为人骄奢淫逸，胸无大志。他占据浙西后，便贪图享乐，不思进取，对部下也十分纵容，导致军队纪律松弛，战斗力下降。他建议朱元璋趁势出兵，平定张士诚，统一江南。
公元1365年，元至正二十五年。朱元璋开始对张士诚展开进攻。刘基建议朱元璋先攻打湖州和杭州，切断张士诚的两翼，使其首尾不能相顾。于是，朱元璋派徐达、常遇春等人率军进攻张士诚的江北地区，先后攻占了通州、兴化、盐城、泰州等地，切断了张士诚与北方的联系。接着，朱元璋又派大军进攻张士诚的浙西地区。徐达、常遇春等人率领大军，一路势如破竹，先后攻占了湖州、杭州等地，对张士诚的都城平江形成了包围之势。
公元1367年，元至正二十七年。平江被围困了数月之久，城内的粮食和物资逐渐耗尽，百姓们饿殍遍野，怨声载道。张士诚的军队也士气低落，无心恋战。朱元璋见时机已到，他下令对平江发起总攻。徐达、常遇春等人率领军队，从四面八方向平江发起进攻。经过一番激烈的战斗，朱元璋的军队终于攻破了平江城，张士诚见大势已去，他在府邸中自缢身亡，但被部下解救。后来，张士诚被朱元璋的军队俘虏，他宁死不屈，最终被朱元璋下令处死。
此后，刘基又参与制定灭元的战略，灭元战略主要包括三个步骤?：先取山东，撤其屏蔽；旋师河南，断其羽翼；拔潼关而守之，据其户槛。这一战略的核心在于通过逐步削弱和分割元朝的防御力量，最终实现对全国的有效控制。朱元璋通过这一策略，不仅成功地推翻了元朝的统治，还为明朝的建立和后续的统一战争打下了坚实的基础?。可以说，刘基在朱元璋消灭群雄、推翻元朝、建立明朝的过程中，是绝对的智囊。
同年，朱元璋称吴王，任命刘基为太史令。刘基上任后，献上精心编制的《戊申大统历》，为新政权提供了准确的时间标准，对农业生产、社会秩序的稳定起到了重要作用。在古代，历法不仅是指导农事的重要依据，更是政权合法性的象征。刘基凭借着自己对天文历法的精通，参考历代历法的优点，结合当时的天文观测数据，经过反复推算和验证，最终完成了《戊申大统历》的编制。这部历法以其精确性和实用性，得到了朱元璋的高度认可。
不久，荧惑星出现在心宿位，预示有兵灾祸乱，刘基请求朱元璋下诏罪己。天气大旱，刘基请求处理久积冤案，朱元璋便当即命令刘基予以平反，大雨也就从天而降。刘基趁机请求建立法制，防止滥杀现象。朱元璋这时正要处决囚犯，刘基便问是什么原因，朱元璋将自己所做的梦告诉他。刘基说：“这是获得疆土和百姓的吉象，所以应当停刑等待。”三日之后，海宁归降，朱元璋很高兴，就将囚犯全部交给刘基释放了。
公元1368年，元至正二十七年。朱元璋登基称帝，定都应天（今南京市），国号大明，年号洪武，大明王朝正式建立，刘基被授予御史中丞兼太史令的官职，负责执法纠察，整肃朝廷纲纪。
刘基认为宋、元两朝皆因过于宽纵而失天下，所以他主张明朝应该整肃纲纪，严格执法。他下令御史检举弹劾，不要有任何顾忌，无论是宿卫、宦官还是侍从，只要犯有过错，一律奏明皇太子，依法惩治。一时间，朝廷上下人人都畏惧刘基的威严，那些曾经为所欲为的权贵们也不得不有所收敛。
然而，刘基的严格执法也引来了一些权贵的不满和怨恨。其中，与李善长的矛盾最为突出。李善长是朱元璋的同乡，也是明朝的开国功臣，在朝廷中地位显赫，权势极大。他的亲信中书省都事李彬，为人贪纵，利用职权谋取私利，纵容下属违法乱纪。刘基得知后，立即对李彬进行调查，并掌握了他的犯罪证据。
李善长得知李彬被刘基查办后，亲自出面为李彬求情。他找到刘基，希望刘基能够看在他的面子上，对李彬从轻发落。但刘基为人刚正不阿，他坚决拒绝了李善长的请求，认为李彬的行为严重违反了法律，必须受到严惩。李善长见求情无果，心中十分恼怒，他觉得刘基不给自己面子，是故意与他作对。
刘基并没有因为李善长的不满而退缩，他坚持将李彬的罪行上奏给朱元璋，并请求将其斩首。朱元璋批准了刘基的请求。当时，正值天旱，李善长正在主持祈雨仪式。他试图以此时杀人不利于祈雨为由，劝说刘基暂缓行刑。但刘基不为所动，他愤怒地说：“杀掉李彬，天必降雨！” 最终，李彬还是被依法斩首。
李彬之死让李善长与刘基之间的矛盾彻底激化。李善长对刘基怀恨在心，他多次在朱元璋面前说刘基的坏话，诬陷他专横跋扈，目无尊长。那些平时怨恨刘基的人，也纷纷趁机附和，对刘基进行诋毁。在李善长等人的攻击下，刘基在朝廷中的处境变得十分艰难。
公元1370年，明洪武三年。朱元璋大封功臣，刘基被授为开国翊运守正文臣、资善大夫、上护军，封诚意伯，食禄二百四十石。此时的刘基，虽然在朝廷中拥有较高的地位和荣誉，但他也面临着越来越复杂的政治环境。
随着明朝政权的逐渐稳定，李善长在朝中的势力让朱元璋感到有些担忧。因此，朱元璋想更换丞相。
后来，朱元璋因事要责罚李善长，刘基劝说道：“他虽有过失，但功劳很大，威望颇高，能调和诸将。”朱元璋说：“他三番两次想要加害于你，你还设身处地为他着想？我想改任你为丞相。”刘基叩首说道：“这怎么行呢？更换丞相如同更换梁柱，必须用粗壮结实的大木，如用细木，房屋就会立即倒坍。臣实属小材，不能胜此任。”后来，李善长辞官归居，朱元璋想任命杨宪为丞相，杨宪平日待刘基很好，可刘基仍极力反对，说：“杨宪具备当丞相的才能，却没有做丞相的气量。为相之人，须保持像水一样平静的心情，将义理作为权衡事情的标准，而不能搀杂自己的主观意见，杨宪就做不到。”朱元璋又问汪广洋如何，刘基回答：“他的气量比杨宪更狭窄，恐怕也难当大任。” 朱元璋接着问：“胡惟庸呢？” 刘基马上摇头说：“丞相好比驾车的马，胡惟庸就像是一头小牛犊，我担心他会将马车弄翻，一旦重用，定会祸害无穷。”
朱元璋没有听从刘基的建议，先后任命杨宪、汪广洋、胡惟庸为丞相。正如刘基所料，杨宪因诬陷坐罪被诛，汪广洋在位无所建树，胡惟庸更是野心勃勃，专权跋扈，最终因谋反被诛，株连一万五千余人。而刘基也因为这次谈话，得罪了杨宪、汪广洋、胡惟庸等人，为自己后来的悲惨命运埋下了伏笔。
公元1371年，明洪武四年。此时刘基已经六十一岁，他深感自己年事已高，精力不济，再加上朝廷中的政治斗争日益激烈，自己身处其中，身心俱疲。于是，他向朱元璋呈上了告老还乡的奏折，希望能够回到家乡青田，安度晚年。朱元璋起初并不想让刘基离开，但看到刘基言辞恳切，态度坚决，朱元璋最终还是批准了他的请求。
回到家乡后，刘基行事十分低调，他深居简出，很少与外界往来。他每天要么在庭院中读书、写字，要么与家人一起聊天、散步，过着平淡而宁静的生活。他告诫自己的儿子和家人，不要因为自己曾经的地位而炫耀，要遵守当地的法律法规，不要给地方官员和百姓带来麻烦。
然而，刘基的低调并没有让他摆脱政治的漩涡。当时，朝廷中的丞相胡惟庸，因为刘基曾经在朱元璋面前反对他担任丞相，对刘基怀恨在心。他一直在寻找机会报复刘基，终于，他找到了一个借口。
青田县南一百多里有个叫谈洋的地方，地势险要，位于处州、温州和福建的三地交界处，是个三不管的地界，私盐贩子、逃军等常在此藏身。当年元朝时，方国珍就曾以此为据点祸乱一方。刘基还未告老还乡时，就向朱元璋建议在谈洋建立巡检司，盘查来往行人，朱元璋批准了这一建议。但刘基还乡后，这里发生了周党山叛乱事件，地方官怕担责任，隐瞒不报。刘基认为此事重大，应上报朱元璋，于是派儿子刘琏去京师向朱元璋汇报。
按照正常程序，刘琏应先上报中书省，再由中书省上报朱元璋。但刘基与胡惟庸关系恶劣，他直接让儿子越过胡惟庸向朱元璋反映问题，这让胡惟庸觉得自己的权威受到了挑战，新仇旧恨涌上心头。于是，胡惟庸唆使刑部尚书吴云沐上奏弹劾刘基，说谈洋这块地有王气，刘基想用它来做自己的墓地，百姓不愿给，他就上奏在这里建巡检司，驱逐百姓，以便自己霸占此地。
朱元璋本就对刘基心存忌惮，再加上他对风水、王气等说法深信不疑，看到这份奏折后，顿时警觉起来。他心想，刘基精通象纬之学，对风水之事了如指掌，他要在有王气的地方建墓地，难道是有什么不轨之心？难道他想抢夺大明的江山？想到这里，朱元璋不禁怒从心头起，他立即下诏降罪刘基，剥夺了他的俸禄。
刘基接到被剥夺俸禄的通知后，犹如五雷轰顶，他深知此事的严重性。这种关于王气、墓地的说法，一旦被坐实，就是满门抄斩的大祸。胡惟庸这一招可谓是阴险至极，他利用朱元璋对皇权的极度敏感，将刘基的强项变成了致命弱点。
刘基不敢有丝毫耽搁，立即带着儿子奔赴京师，面见朱元璋。见到朱元璋后，刘基痛哭流涕，向朱元璋赔罪。他知道，这种事情根本说不清楚，越是辩解，越会让朱元璋怀疑。而且，朱元璋已经做出了剥夺俸禄的处理，如果再辩解，就等于证明朱元璋处理得不对，这是万万不可的。所以，刘基选择了沉默，他用自己的真诚和无言的态度，希望能够消除朱元璋的疑虑。
面对刘基的诚恳道歉，朱元璋反而有些不知所措。他仔细观察刘基的表情和言行，发现他不像是在说谎，心中的疑虑也渐渐消除了一些。但朱元璋并没有完全相信刘基，他还是让刘基留在了京师，以便随时观察他的动向。刘基也明白朱元璋的心思，他为了避免再次引起朱元璋的怀疑，只能留在京师，不敢返回老家。
在京师的日子里，刘基的心情十分压抑。他每天都生活在恐惧和担忧之中，不知道自己何时才能摆脱这场危机。长期的精神压力让他的身体越来越差，终于，他病倒了。
公元1375年，明洪武八年。刘基感染风寒，病情日益加重。朱元璋知道了之后，派胡惟庸带了御医去探望。御医开了药方，他照单抓药回来煎服用，觉得肚子里好像有一些不平整的石块挤压在一起，让他十分痛苦。
二月中，刘基抱病觐见朱元璋，婉转的向他禀告胡惟庸带着御医来探病，以及服食御医所开的药之后更加不适的情形。朱元璋听了之后，只是轻描淡写的说了一些要他宽心养病的安慰话，这使刘基相当的心寒。三月下旬，已经无法自由活动的刘伯温，由刘琏陪伴，在朱元璋的特遣人员的护送下，自京师动身返乡。回家后，拒绝亲人和乡里为他找来的一切药石，只是尽可能的维持正常的饮食。
刘基自知来日无多，他将主要精力放在了给两个儿子交代后事上。他找来一本天文书籍，叮嘱长子刘琏，在自己死后，一定要尽快将这本书呈交给朱元璋，并且不要让子孙再学习这门学问。他深知天文之学在古代是极为敏感的领域，很容易招来灾祸，他不想让子孙再因此受到牵连。
随后，他又对着次子刘璟分析了当今朝廷的形势。他表示自己原本想写一份详细的遗表呈给朱元璋，为朝廷贡献自己的最后一点见解，但一想到当今朝廷的丞相是胡惟庸，觉得写了也是枉然，便打消了这个想法。但他还是把遗表写好了，只是叮嘱儿子不要立即呈给朱元璋，等到胡惟庸下台后，朱元璋肯定会想念自己，那时再将遗表呈上，朱元璋或许能够接受。
就这样，刘基在对朝廷的担忧和对子孙的牵挂中，度过了他生命的最后时光。
同年四月，刘基在老家病逝，享年六十五岁。
关于刘基的死因，历史上众说纷纭。有人认为他是被胡惟庸毒死的，因为胡惟庸对他怀恨在心，而且他服用了胡惟庸带去的御医开的药后病情迅速恶化；也有人认为朱元璋才是背后的主谋，胡惟庸只是奉命行事，朱元璋为了巩固自己的统治，消除潜在的威胁，对刘基痛下杀手；还有人认为刘基是因病去世，他年事已高，又长期处于精神压力之下，病情加重是自然的结果。然而，由于历史久远，缺乏确凿的证据，刘基的真正死因至今仍是一个未解之谜。
刘基不仅在政治和军事领域取得了卓越的成就，还在文学和思想领域有着深厚的造诣。他的文学作品以散文和诗歌为主，风格质朴自然、意境深远。他的散文语言简练、结构严谨、思想深刻；他的诗歌则情感真挚、意境优美、富有哲理。其中，《郁离子》、《卖柑者言》、《春蚕》等作品都是其代表作，展现了他深厚的文学功底和独特的艺术风格，以及他的审美观和价值观，既有社会认识价值，又有艺术审美价值。
纵观刘基的一生，是辉煌的一生，也是坎坷的一生。他以卓越的才华和谋略，为明朝的建立和发展立下了不朽功勋。
在政治上，他的思想围绕仁义、民本、人才、法治、教育五个方面展开，核心是儒家的 “仁义道德”，对明朝的政治制度建设产生了重要影响。在军事上，他参与谋划平定张士诚、陈友谅与北伐中原等军事大计，帮助朱元璋完成帝业，被比作诸葛武侯。在文学上，他主张经世致用的文学思想，作品蕴含着鲜明的时代特征，对明初新一代文风的振起，起到了重要的推动作用。
他的一生，是智慧与勇气的化身，是政治抱负与文学才华的完美融合，是对国家忠诚与对百姓热爱的深刻体现。